核核極性コンパートメントには、いくつかのRNAポリメラーゼIII転写産物とポリピリミジントラクト結合タンパク質、HnRNP Iが含まれています。

4つのヒトY RNAの細胞内組織を調査しました。RNAポリメラーゼIIIによって転写されるこれらのRNAは、通常、60 kDタンパク質であるRO自己抗原と複合していることがわかります。RO RNP内のY RNAのアクセス可能な一本鎖領域を補完する2'-omeオリゴリボヌクレオチドを設計し、蛍光in situハイブリダイゼーションで使用しました。4つのY RNAはすべて主に細胞質でしたが、オリゴヌクレオチドは、核小体縁の近くの離散構造にハイブリダイズされた3つのRNAに対して向けられました。これらの構造を「ペリ核極帯」（PNC）と呼びました。適切な抗血清による二重標識実験により、PNCはコイル状の体と線維性センターとは異なることが明らかになりました。ヒトY1およびY3遺伝子にまたがるゲノムDNAクローンを使用した共ハイブリダイゼーションは、PNCがこれらのY RNAの転写部位と安定に関連していないことを示しました。5S rDNAはしばしば核小体周辺の近くに位置していましたが、PNCは5S遺伝子遺伝子座に関連していません。RNase PおよびRNase MRPのRNA成分、2つの追加のPol III転写産物は、PNC内で共局在しました。最も興味深いことに、ポリピリミジン路結合タンパク質hnrnp I/PTBもこのコンパートメントに濃縮されました。これらの5つのPol III転写産物の高分子アセンブリおよび/または核細胞質シャトリングにおけるこの新しい核サブドメインの可能な役割と、HNRNP I/PTBとともに説明されています。

We have investigated the subcellular organization of the four human Y RNAs. These RNAs, which are transcribed by RNA polymerase III, are usually found complexed with the Ro autoantigen, a 60-kD protein. We designed 2'-OMe oligoribonucleotides that were complementary to accessible single-stranded regions of Y RNAs within Ro RNPs and used them in fluorescence in situ hybridization. Although all four Y RNAs were primarily cytoplasmic, oligonucleotides directed against three of the RNAs hybridized to discrete structures near the nucleolar rim. We have termed these structures "perinucleolar compartments" (PNCs). Double labeling experiments with appropriate antisera revealed that PNCs are distinct from coiled bodies and fibrillar centers. Co-hybridization with a genomic DNA clone spanning the human Y1 and Y3 genes showed that PNCs are not stably associated with the transcription site for these Y RNAs. Although 5S rDNA was often located near the nucleolar periphery, PNCs are not associated with 5S gene loci. Two additional pol III transcripts, the RNA components of RNase P and RNase MRP, did colocalize within PNCs. Most interestingly, the polypyrimidine tract-binding protein hnRNP I/PTB was also concentrated in this compartment. Possible roles for this novel nuclear subdomain in macromolecular assembly and/or nucleocytoplasmic shuttling of these five pol III transcripts, along with hnRNP I/PTB, are discussed.