完全に 2' 修飾されたオリゴリボヌクレオチドのヘテロおよびホモ二本鎖ハイブリダイゼーションとヌクレアーゼ感受性の特性評価

2'-フルオロ、2'-O-メチル、2'-O-プロピルおよび2'-O-ペンチルヌクレオチドを含む完全に修飾されたオリゴリボヌクレオチド配列について、ヌクレアーゼの安定性と融解温度（Tm）を比較しました。2' 修飾オリゴリボヌクレオチドと RNA との間に形成される二重鎖は、円二色性分光法で観察されるように、典型的な A 型の幾何学的形状を持っています。2'-O-ペンチルを除く修飾は、相補的 RNA で形成される二重鎖の Tm を増加させることが観察されました。修飾されたホモ二本鎖は、Tm の順序が 2'-フルオロ:2'フルオロ > 2'-O-プロピル:2'-O-プロピル > 2'-O-メチル:2'-O-メチル > RNA:RNA > DNA:DNA となり、著しく高い Tm を示しました。2' 修飾オリゴリボヌクレオチドのヌクレアーゼ安定性は、ヘビ毒ホスホジエステラーゼ (SVPD) およびヌクレアーゼ S1 を使用して検査されました。2' 修飾によって付与される安定性は、修飾のサイズと相関があることが観察されました。ヌクレアーゼ安定性のさらなるレベルは、二次構造を形成する可能性のあるオリゴリボヌクレオチドに存在しましたが、2' 修飾オリゴリボヌクレオチドにのみ存在し、2'-デオキシ オリゴリボヌクレオチドには存在しませんでした。

The nuclease stability and melting temperatures (Tm) were compared for fully modified oligoribonucleotide sequences containing 2'-fluoro, 2'-O-methyl, 2'-O-propyl and 2'-O-pentyl nucleotides. Duplexes formed between 2' modified oligoribonucleotides and RNA have typical A-form geometry as observed by circular dichroism spectroscopy. Modifications, with the exception of 2'-O-pentyl, were observed to increase the Tm of duplexes formed with complementary RNA. Modified homoduplexes showed significantly higher Tms, with the following Tm order: 2'-fluoro:2'fluoro > 2'-O-propyl:2'-O-propyl > 2'-O-methyl:2'-O- methyl > RNA:RNA > DNA:DNA. The nuclease stability of 2'-modified oligoribonucleotides was examined using snake venom phosphodiesterase (SVPD) and nuclease S1. The stability imparted by 2' modifications was observed to correlate with the size of the modification. An additional level of nuclease stability was present in oligoribonucleotides having the potential for forming secondary structure, but only for 2' modified oligoribonucleotides and not for 2'-deoxy oligoribonucleotides.