HLA-A2サブタイプ間のMHCクラスIセルフペプチドレパートリーの違い

MHCクラスI分子の単一アミノ酸置換がペプチドレパートリーの違いにどのように影響するかを調査するために、3つのHLA -A2サブタイプ（HLA -A*0204、-A*0206、および-A*0207）から自然に処理されたペプチドを溶出および配列決定しました。これは、結合溝の床でHLA-A*0201を使用して、それぞれ単一のアミノ酸残基置換によって異なります。各HLA-A2サブタイプの対立遺伝子特異的ペプチドモチーフは、支配的なアンカー残基のHLA-A*0201のそれと大幅に異なりました。質量分析によって決定される18の自己ペプチドの相対的な信号強度は、これらのペプチドモチーフを正確に反映していました。いくつかの重複するペプチドは、HLA-A*0201と単一のHLA-A2バリアントの両方から分離されましたが、すべてのバリアントで遍在的に見られるペプチドはありませんでした。ペプチドモチーフの違いを合理化するために、各対立遺伝子の可能な立体構造は、HLA-A*0201の報告された結晶構造に基づくエネルギー最小化計算によってモデル化されたコンピューターでした。私たちのモデルによると、ペプチドモチーフの違いは、各MHCペプチド複合体の置換レシド駆動の立体構造変化によって説明できます。これらの結果は、HLA-A2サブタイプセルフペプチドレパートリーの微細な違いを示し、抗原ペプチドの予測に寄与します。

To investigate how single amino acid substitutions in MHC class I molecules affect differences in peptide repertoires, we eluted and sequenced the naturally processed peptides from three HLA-A2 subtypes (HLA-A*0204, -A*0206, and -A*0207) that differ by a single amino acid residue substitution each with HLA-A*0201 at the floor of the binding groove. Allele-specific peptide motifs for each HLA-A2 subtype substantially differed from that of HLA-A*0201 in the dominant anchor residues. The relative signal intensities for 18 self peptides, determined by mass spectrometry, precisely reflected these peptide motifs. Some overlapping peptides were isolated from both HLA-A*0201 and a single HLA-A2 variant, but no peptide was ubiquitously found across all variants. To rationalize the differences in peptide motifs, possible conformations of each allele were computer modeled by energy minimization calculations based on the reported crystal structure of HLA-A*0201. According to our models, the differences in peptide motifs could be explained by substituted-residue-driven conformational changes for each MHC-peptide complex. These results demonstrate the fine differences between HLA-A2 subtype self peptide repertoires and contribute to the prediction of antigenic peptides.