保存されたプライマー配列を持つ細菌23SリボソームRNA遺伝子のさまざまな領域の増幅と配列決定

公開された細菌23SリボソームRNA配列が整列し、隣接する普遍的に保存された領域が非常に多様な領域を探しました。戦略的に配置された保存された領域では、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）とシーケンスに適した6つのオリゴヌクレオチドが設計され、最も多様な23S RRNA領域の4つの高速シーケンスが可能になりました。他の2つのプライマーが、ほぼ完全な23S rRNA遺伝子のPCR増幅用に設計されました。これらすべてのプライマーは、7つの無関係な細菌から23S rRNA遺伝子の断片を成功裏に増幅しました。4つのプライマーを使用して、Campylobacter jejuni subspの938 bpのシーケンスを決定しました。ジェジュニ。これらの結果は、ここに示されているオリゴヌクレオチド配列が、広範囲の強風種のさまざまな23S rRNA領域のPCR増幅と配列決定に役立つことを示しています。

Published bacterial 23S ribosomal RNA sequences were aligned, and universally conserved regions flanking highly variable regions were looked for. In strategically positioned conserved regions, six oligonucleotides suitable for polymerase chain reaction (PCR) and sequencing were designed, allowing fast sequencing of four of the most variable 23S rRNA regions. Two other primers were designed for PCR amplification of nearly complete 23S rRNA genes. All these primers successfully amplified fragments of 23S rRNA genes from seven unrelated bacteria. Four primers were used to determine 938 bp of sequence for Campylobacter jejuni subsp. jejuni. These results indicate that the oligonucleotide sequences presented here are useful for PCR amplification and sequence determination of variable 23S rRNA regions for a broad variety of eubacterial species.