PCNA、RFC、およびRPAの存在下でのDNAポリメラーゼエプシロンによるヌクレオチド除去修復DNA合成

真核生物では、DNAのヌクレオチド切除修復は、多くのポリペプチドが二重切開を実行し、損傷を含む約30ヌクレオチドのセグメントを除去する必要がある複雑なプロセスであり、その後、切除されたセグメントを置き換えるためにDNA合成を修復する必要があります。ヌクレオチド切除修復DNA合成は、増殖細胞核抗原（PCNA）に依存しています。DNAヌクレオチド切除修復中にギャップを埋めるDNA合成を研究するために、UV損傷DNAを最初にPCNA枯渇ヒト細胞抽出物とインキュベートして、修復切開を作成しました。次に、DNAリガーゼを使用した精製DNAポリメラーゼデルタまたはイプシロンを使用して修復パッチを形成しました。DNAポリメラーゼデルタは修復合成を行うことができ、PCNAと複製因子Cの両方の存在に厳密に依存していましたが、完全な結紮された円の非常に低い割合を生み出しました。複製タンパク質A（ヌクレオチド切除修復にも必要です）の存在はこの結果を変化させませんでしたが、DNase IVの添加は結晶産物の割合を増加させました。一方、DNAポリメラーゼイプシロンは、PCNAと複製因子Cの非存在下で修復パッチを満たすことができ、ほとんどの製品は結晶された円でした。複製タンパク質Aの添加は状況を劇的に変化させ、ポリメラーゼイプシロンによる合成はPCNAと複製因子Cの両方に依存するようになりました。 - ヌクレオチド切除修復パッチを作成するタスクに合わせて。

In eukaryotes, nucleotide excision repair of DNA is a complex process that requires many polypeptides to perform dual incision and remove a segment of about 30 nucleotides containing the damage, followed by repair DNA synthesis to replace the excised segment. Nucleotide excision repair DNA synthesis is dependent on proliferating cell nuclear antigen (PCNA). To study gap-filling DNA synthesis during DNA nucleotide excision repair, UV-damaged DNA was first incubated with PCNA-depleted human cell extracts to create repair incisions. Purified DNA polymerase delta or epsilon, with DNA ligase, was then used to form the repair patch. DNA polymerase delta could perform repair synthesis and was strictly dependent on the presence of both PCNA and replication factor C, but gave rise to a very low proportion of complete, ligated circles. The presence of replication protein A (which is also required for nucleotide excision repair) did not alter this result, while addition of DNase IV increased the fraction of ligated products. DNA polymerase epsilon, on the other hand, could fill the repair patch in the absence of PCNA and replication factor C, and most of the products were ligated circles. Addition of replication protein A changed the situation dramatically, and synthesis by polymerase epsilon became dependent on both PCNA and replication factor C. A combination of DNA polymerase epsilon, PCNA, replication factor C, replication protein A, and DNA ligase I appears to be well-suited to the task of creating nucleotide excision repair patches.