（ - ） - trans-anti-benzo [c]フェナントレン-Da（[bph] da）dna二重の反対側のdtの溶液の立体構造：共有結合したベンゾ[c]フェナントレニル環の3'側へのインターカレーション付加部位の（+） - trans-antil [bph] daとの比較dtステレオイソマー

このペーパーでは、D（C1-T2-C3-T4-C5- [[C1-T2-C3-T4-C5-]で配列コンテキストでDTの反対側に配置された（ - ） - トランスアントベンゾ[C]フェナントレンDA付加物のNMR分子力学構造研究について報告します。BPH] A6-C7-T8-T9-C10-C11）.D（G12- G13-A14-A15-G16-T17-G18-A19-G20-A21- G22）duplex（（ - ） - trans- trans-に指定抗[BPH] da.dt 11-mer duplex）。この付加物は、（ - ）-1,2-ジヒドロキシ-3,4-エポキシ-1,2,3,4-テトラヒドロベンゾ[C]フェナントレン[（ - ） - 抗BPHDE]の共有結合結合に由来しています。この二重配列におけるDA6のN6。H2OおよびD2Oバッファー溶液の2次元NMRデータセットの分析に続いて、ベンゾ[C]フェナントレニルと核酸交換可能および非拡張性のプロトンは、主要な立体構造に割り当てられました。（ - ） - trans-anti- [BPH] DA.DT 11-MER二重の溶液構造は、抑制としてNOESYデータセットから推定される下限と上限によって定義される分子内および発がん性DNAプロトンプロトン距離を組み込むことによって決定されています。ねじれ角空間の分子力学計算。結果は、[BPH] DA6.DT17ベースペアプロペラのねじれとバックルがわずかにバックルして、共有結合したベンゾ[C]フェナントレニルリングが[BPH] DA6.DT17とDC7.DG16塩基対の間の3'-への間のインターカレートを可能にすることを示しています。[BPH] DA6病変部位の側面は、修正された二重のワトソンクリック水素結合アライメントを破壊することなく。ベンゾ[C]フェナンテレニル部分の非常に等しく妨げられたフィヨルド領域のひずみは、芳香族フェナントレニル環系のプロペラのような非平面形状によって緩和されます。ベンジルリングは、歪んだハーフチェア型を採用します。この形では、H1およびH2プロトンが擬似quat索され、H3およびH4プロトンは偽軸です。DTの反対側に配置された（ - ） - trans-antil [BPH] daが無傷の修飾された塩基対の3'sideに位置するという現在の観察は、ステレオエイエイエイエソマー（+） - trans-anti- [trans-anti-[BPH] DA付加物は、DTの反対側に配置されており、無傷の修飾ベースペアの5'side（Cosman、M.、et al。（1993b）生化学32、12488-12497]。これらの立体化学的に誘導された構造違いは、キラル（+） - および（ - ）抗BPHDEエナンチオマーの結合に由来する異性[BPH] DA病変間で、癌形成療法DNAと修復および複製酵素との相互作用に深く影響する可能性があります。セル。

This paper reports on NMR-molecular mechanics structural studies of the (-)- trans-anti-benzo[c]phenanthrene-dA adduct positioned opposite dT in the sequence context of the d(C1-T2-C3-T4-C5-[BPh]A6-C7-T8-T9-C10-C11).d(G12- G13-A14-A15-G16-T17-G18-A19-G20-A21- G22) duplex (designated as the (-)-trans-anti-[BPh]dA.dT 11-mer duplex). This adduct is derived from the covalent binding of (-)-1,2-dihydroxy-3,4-epoxy-1,2,3,4-tetrahydro-benzo[c]phenanthrene [(-)-anti-BPhDE] to N6 of dA6 in this duplex sequence. The benzo[c]phenanthrenyl and nucleic acid exchangeable and nonexchangeable protons were assigned in the predominant conformation following analysis of two-dimensional NMR data sets in H2O and D2O buffer solution. The solution structure of the (-)-trans-anti-[BPh]dA.dT 11-mer duplex has been determined by incorporating intramolecular and carcinogen-DNA proton-proton distances defined by lower and upper bounds deduced from NOESY data sets as restraints in molecular mechanics computations in torsion angle space. The results show that the [BPh]dA6.dT17 base pair propeller twists and buckles slightly to permit the covalently attached benzo[c]phenanthrenyl ring to intercalate between the [BPh]dA6.dT17 and dC7.dG16 base pairs to the 3'-side of the [BPh]dA6 lesion site without disrupting the Watson-Crick hydrogen bond alignments in the modified duplex. The strain in the highly sterically hindered fjord region of the benzo[c]phenanthrenyl moiety is relieved by the propeller-like nonplanar geometry of the aromatic phenanthrenyl ring system, which stacks predominantly with the dG16 and dT17 bases on the unmodified strand. The benzylic ring adopts a distorted half-chair form, in which the H1 and H2 protons are pseudo-diequatorial and the H3 and H4 protons are pseudodiaxial. The current observation that the (-)-trans-anti-[BPh]dA positioned opposite dT intercalates to the 3'-side of the intact modified base pair contrasts with our previous demonstration that the stereoisomeric (+)-trans-anti-[BPh]dA adduct positioned opposite dT intercalates to the 5'-side of the intact modified base pair [Cosman, M., et al. (1993b) Biochemistry 32, 12488-12497]. These stereochemically induced structural differences between isomeric [BPh]dA lesions derived from the binding of chiral (+)- and (-)-anti-BPhDE enantiomers may in turn profoundly influence the interactions of the carcinogen-modified DNA with repair and replication enzymes in the cell.