カルモウイルス関連RNA依存性RNAポリメラーゼ遺伝子の特定の検出のためのタグとしての植物ウイルスRNAポリメラーゼにおける高度に保存されたモチーフの使用

RNA依存性RNA-ポリメラーゼ（RDRP）遺伝子の510ヌクレオチド長セグメントの配列特異的増幅とクローニングのための2つの高度なプライマーが選択され、利用可能な植物カルモウイルス様ウイルスRDRP配列に基づいて合成されました。これらのプライマーは、カルモウイルス、ジアンソウイルス、墓鳥のものを含むさまざまなRDRP遺伝子のPCRスクリーニングで効率的であることが示されました。特に、それらは、未知の進化的関係、ペラゴニウムフラワーブレイクウイルス（PFBV）を伴う等尺性植物ウイルスのRDRP遺伝子断片の増幅、クローニング、および配列決定に使用されました。それぞれのヌクレオチドとアミノ酸配列のアライメントは、カルモウイルスのタイプメンバーであるPFBVとカーネーションモットルウイルスの非常に密接な類似性を示しています。

Two highly degenerate primers for sequence-specific amplification and cloning of a 510-nucleotide-long segment of RNA-dependent RNA-polymerase (RdRp) genes were selected and synthesized on the basis of available plant carmovirus-like viral RdRp sequences. These primers were shown to be efficient in PCR screening of different RdRp genes including those of carmoviruses, dianthoviruses, and tombusviruses. In particular, they were used for amplification, cloning, and sequencing of an RdRp gene fragment of an isometric plant virus with unknown evolutionary relationships, pelargonium flower break virus (PFBV). Alignment of the respective nucleotide and amino acid sequences indicates a very close similarity between PFBV and carnation mottle virus, the type member of carmoviruses.