PAR基本のDNA結合特異性ロイシンジッパータンパク質VBPは、C/EBPおよびCREB/ATFファミリーのそれを部分的に重複させ、コア基本領域に隣接するドメインの影響を受けます

基本的なロイシンジッパー（BZIP）因子のPARサブファミリーは、プロリンおよび酸性アミノ酸リッチ（PAR）ドメインと機能的に互換性のあるルーチンジッパーが隣接する基本領域を保存している3つのタンパク質（VBP/TEF、DBP、およびHLF）で構成されています。二量体化ドメイン。VBPは、隣接したGtaayハーフサイト（PARサイトと呼ばれる）で構成されるシーケンスと、C/EBPハーフサイト（GCAAT）またはCREB/ATFハーフ - を含むシーケンスに優先的に結合することを示します。PARハーフサイトの1つの代わりにサイト（GTCAT）。PARサイトとPAR-CREB/ATFキメラサイトとしてそれぞれ記述されているシーケンスは、どちらも以前にE4BP4転写リプレッサーの高親和性結合部位として説明されていたため、これらのシーケンスは正および負の調節のターゲットである可能性があると推測します。同様に、PAR-C/EBPおよびPAR-CREB/ATFキメラ部位として記述されているシーケンスは、それぞれC/EBPおよびCREB/ATF因子の高親和性結合部位であることが知られているため、これらのサイトはそれぞれそれぞれ可能であると推測します。BZIP因子の複数のサブファミリーのターゲットになります。PAR因子の結合サイト特異性の分子基盤に関する洞察を得るために、VBPの広範な変異解析も実施しました。ショウジョウバエの巨大BZIP因子と脊椎動物のpar bzip因子との間で異なる5つのアミノ酸残基を置き換えることにより、基本的な領域とロイシンジッパードメインを橋渡しするフォーク領域が、半サイトのシーケンス特異性に寄与することを示します。さらに、VBPがPARターゲットサイトの全スペクトルにバインドするには、コア基本領域の少なくとも2つのドメインアミノ端子が必要であることを報告します。したがって、直接的なベース接触は基本領域残基に限定される場合がありますが（GCN4-DNA結晶構造で示されているように）、他のいくつかのドメインは、PAR BZIPタンパク質のDNA結合特異性にも影響します。

The PAR subfamily of basic leucine zipper (bZIP) factors comprises three proteins (VBP/TEF, DBP, and HLF) that have conserved basic regions flanked by proline- and acidic-amino-acid-rich (PAR) domains and functionally compatible leucine zipper dimerization domains. We show that VBP preferentially binds to sequences that consist of abutted GTAAY half-sites (which we refer to as PAR sites) as well as to sequences that contain either a C/EBP half-site (GCAAT) or a CREB/ATF half-site (GTCAT) in place of one of the PAR half-sites. Since the sequences that we describe as PAR sites and PAR-CREB/ATF chimeric sites, respectively, were both previously described as high-affinity binding sites for the E4BP4 transcriptional repressor, we infer that these sequences may be targets for positive and negative regulation. Similarly, since the sequences that we describe as PAR-C/EBP and PAR-CREB/ATF chimeric sites are known to be high-affinity binding sites for C/EBP and CREB/ATF factors, respectively, we infer that these sites may each be targets for multiple subfamilies of bZIP factors. To gain insights regarding the molecular basis for the binding-site specificity of PAR factors, we also carried out an extensive mutational analysis of VBP. By substituting five amino acid residues that differ between the Drosophila giant bZIP factor and the vertebrate PAR bZIP factors, we show that the fork region, which bridges the basic and leucine zipper domains, contributes to half-site sequence specificity. In addition, we report that at least two domains amino terminal to the core basic region are required for VBP to bind to the full spectrum of PAR target sites. Thus, whereas direct base contacts may be restricted to basic-region residues (as indicated by GCN4-DNA crystal structures), several other domains also influence the DNA-binding specificity of PAR bZIP proteins.