酵母細胞質およびミトコンドリアリボソームのペプチジルトランスフェラーゼ中心周辺のシュードリジン残基のクラスタリング

Saccharomyces cerevisiae細胞質とミトコンドリアのより大きなリボソームサブユニットの高分子量RNAの分析新しい方法[Bakin、A。、＆Ofengand、J。（1993）生化学32、9754-9762]は、初めてのすべての期間であり、これら2つのRNAに存在するシュードウリジン残基の。細胞質RNAで30個のシュードウリジンが見つかり、1つはミトコンドリアRNAで発見されました。30個の細胞質RNAシュードウリジンは、ペプチジルトランスフェラーゼ中心またはその近くにあることが知られているRNAの3つの領域でクラスター化されました。2819位の酵母ミトコンドリアrRNAの単一のシュードウリジンは、ペプチジルトランスフェラーゼ中心にも位置していました。細胞質とミトコンドリアの両方のリボソームの両方で、ペプチジルトランスフェラーゼ中心またはその近くでのシュードウリジンの局在化は、ペプチド結合形成におけるシュードリジンの機能的役割を意味します。相関は、この研究で決定されたプソイドゥリジンの位置と、以前に他の人によって決定されたメチル化ヌクレオチド（2'-och3と塩基メチル化の両方）の位置の間に存在することが示されました。さらに、この研究は、細胞質rRNAの位置955および2920で、以前に未知の2つのリボチミジン残基の位置を暫定的に特定しました。

Analysis of the high molecular weight RNAs of the larger ribosomal subunit of Saccharomyces cerevisiae cytoplasm and mitochondria by a new method [Bakin, A., & Ofengand, J. (1993) Biochemistry 32, 9754-9762] has for the first time located all of the pseudouridine residues present in these two RNAs. Thirty pseudouridines were found in the cytoplasmic RNA, and one was found in the mitochondrial RNA. The 30 cytoplasmic RNA pseudouridines were clustered in three regions of the RNA known to be at or near the peptidyltransferase center. The single pseudouridine in yeast mitochondrial rRNA at position 2819 was also located at the peptidyltransferase center. The localization of pseudouridines at or near the peptidyltransferase center in both cytoplasmic and mitochondrial ribosomes implies a functional role for pseudouridine in peptide bond formation. A correlation was shown to exist between the locations of the pseudouridines determined in this work and the positions of the methylated nucleotides (both 2'-OCH3 and base-methylated) determined previously by others. In addition, this work has tentatively identified the locations of two previously unknown ribothymidine residues, at positions 955 and 2920 in the cytoplasmic rRNA.