PSI 29 DNAポリメラーゼ活性部位保存モチーフTX2GRでのプライマー末端安定化

保存されたモチーフTX2GRの機能的意義は、大腸菌DNAポリメラーゼI様および真核生物型DNAポリメラーゼの両方のC末端部分で特定されたアミノ酸配列の類似性の6つの主要領域の1つに含まれる（Blanco、L.、Bernad、A.、Blasco、M.A。、およびSalas、M。（1991）遺伝子（Amst。）100、27-38）は、PSI 29 DNAポリメラーゼの部位指向変異誘発によって研究されています。これら2つのスーパーファミリーに属する61個のDNAポリメラーゼを含む、この領域の修正された複数のアライメントが提示されています。さらに、アミノ酸配列の比較に基づいて、T7 RNAポリメラーゼの結晶構造への外挿により、同様のモチーフ（DX2GR）がRNAポリメラーゼで構造的および機能的に同等であると予測されています。この研究で使用されたPSI 29 DNAポリメラーゼ変異体のうち2つ（T434NおよびR438I）によって示される重合の重度の欠陥は、重合対応の適合体におけるプライマーテンプレートDNA構造の結合を安定化する能力の低下の結果として解釈されます。これらの変異体は、PSI 29 DNAポリメラーゼがTPをプライマーとして使用できる反応である、末端タンパク質（TP）-DAMP開始複合体の形成にも深刻な影響を受けました。

The functional significance of the conserved motif TX2GR, included in one of the six main regions of amino acid sequence similarity identified in the C-terminal portion of both Escherichia coli DNA polymerase I-like and eukaryotic-type DNA polymerases (Blanco, L., Bernad, A., Blasco, M.A., and Salas, M. (1991) Gene (Amst.) 100, 27-38) has been studied by site-directed mutagenesis in the psi 29 DNA polymerase. A revised multiple alignment of this region, including 61 DNA polymerases belonging to these two superfamilies, is presented. In addition, based on amino acid sequence comparisons and by extrapolation to the crystal structure of T7 RNA polymerase, a similar motif (DX2GR) is predicted to be structurally and functionally equivalent in RNA polymerases, the other class of DNA-dependent polymerases. The severe defect in polymerization displayed by two of the psi 29 DNA polymerase mutants used in this study (T434N and R438I) is interpreted as the consequence of a decreased capacity to stabilize the binding of primer-template DNA structures in a polymerization-competent conformation. These mutants were also severely affected in the formation of terminal protein (TP)-dAMP initiation complex, a reaction in which psi 29 DNA polymerase is able to use the TP as primer.