Clustal W：シーケンスの重み付け、位置固有のギャップペナルティ、重量マトリックスの選択による進行性の複数シーケンスアライメントの感度の向上

一般的に使用される進行性複数シーケンスアライメント法の感度は、発散タンパク質配列のアライメントのために大幅に改善されました。第一に、個々の重みは、重量のほぼ重複シーケンスと最も多様なものを高重量にするために、部分的なアラインメントで各シーケンスに割り当てられます。第二に、アミノ酸置換マトリックスは、配列の発散に応じて異なるアライメント段階で変化します。第三に、保水性領域での残留固有のギャップペナルティと局所的に減少したギャップペナルティは、通常の二次構造ではなく、潜在的なループ領域の新しいギャップを促進します。第四に、ギャップが開かれた初期の整列の位置は、これらのポジションでの新しいギャップの開放を促進するために、局所的に削減されたギャップペナルティを受け取ります。これらの変更は、自由に利用できる新しいプログラム、Clustal Wに組み込まれています。

The sensitivity of the commonly used progressive multiple sequence alignment method has been greatly improved for the alignment of divergent protein sequences. Firstly, individual weights are assigned to each sequence in a partial alignment in order to down-weight near-duplicate sequences and up-weight the most divergent ones. Secondly, amino acid substitution matrices are varied at different alignment stages according to the divergence of the sequences to be aligned. Thirdly, residue-specific gap penalties and locally reduced gap penalties in hydrophilic regions encourage new gaps in potential loop regions rather than regular secondary structure. Fourthly, positions in early alignments where gaps have been opened receive locally reduced gap penalties to encourage the opening up of new gaps at these positions. These modifications are incorporated into a new program, CLUSTAL W which is freely available.