マウスエリスロイド細胞からのライゲーションを介したRNAの増幅は、拡張された5'に翻訳された領域を持つベータグロビンmRNAの新規クラスを明らかにしています

ライゲーション媒介RNA増幅は、RNA分子の末端の分析と測定のためのツールとして開発されました[Volloch et al。（1991）Proc。natl。アカデミー。SCI。USA 88：10671-10675]。このアプローチでは、T4 RNAリガーゼを使用して、定義されたリボオリゴヌクレオチドで細胞RNAを結合します。このタイプの分析にはいくつかの追加の酵素ステップが関与していますが、手順全体の信頼性は、細胞RNA分子の末端をマークおよび保存する初期結紮ステップによって決定されます。さまざまなマウス赤血球細胞におけるベータグロビンmRNAの5 '末端の分析にこのアプローチを適用しました。予想どおり、5 '末端で切り捨てられた5' RNA分子と同様に、5 '末端が5'末端に切り捨てられた5 '末端を持つRNA分子を検出しました。予想外に、あらゆる点で通常のベータグロビンmRNAと同一のベータグロビンmRNAのクラスも検出しましたが、通常のCAP部位に17、29、または31の追加ヌクレオチド5 'を含みます。これらの拡張は、通常のキャップサイトのすぐ上流のゲノムセグメントに正確に対応しており、おそらく通常のキャップサイトから上流のグロビン遺伝子の転写の開始によって生成されます。拡張されたグロビンRNAは、通常のマウスグロビンmRNAの転写を調節するTATAプロモーターからではなく、31ヌクレオチド拡張の上流30ヌクレオチドに位置するGATA調節要素から転写され、Tata-Less-Cholin Golgin Geneの活性GATAプロモーターと同一の位置と同じ位置にある可能性があります。この関係の進化的保存は、マウスベータグロビン遺伝子のGATAプロモーター要素の重要性と、この遺伝子の発現の発達調節に関与する可能性を示唆しています。

Ligation-mediated RNA amplification was developed as a tool for analysis and determination of the termini of RNA molecules [Volloch et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88: 10671-10675]. In this approach, T4 RNA ligase is used to join cellular RNA with a defined ribo-oligonucleotide. Although several additional enzymatic steps are involved in this type of analysis, the reliability of the entire procedure is determined by the initial ligation step, which marks and preserves the termini of cellular RNA molecules. We applied this approach to the analysis of the 5' terminus of beta globin mRNA in various murine erythroid cells. As expected, we detected RNA molecules with 5' ends terminating at the regular cap site as well as globin RNA molecules truncated at the 5' end. Unexpectedly, we also detected a class of beta globin mRNA which is identical to regular beta globin mRNA in every respect but contains 17, 29, or 31 additional nucleotides 5' to the regular cap site. These extensions correspond precisely to the genomic segments just upstream of the regular cap site and are probably generated by initiation of transcription of the globin gene upstream from the regular cap site. It is likely that the extended globin RNA is transcribed not from the TATA promoter, which regulates the transcription of regular murine globin mRNA, but from the GATA regulatory element located 30 nucleotides upstream of the 31-nucleotide extension, in a position identical to that of the active GATA promoter of the TATA-less chicken beta globin gene. The evolutionary conservation of this relationship suggests the importance of the GATA promoter element of the mouse beta globin gene and its possible involvement in developmental regulation of expression of this gene.