Streptomyces coelicolor sige遺伝子の分析は、亜酢酸RNAポリメラーゼSigma因子のサブファミリーの存在を明らかにしています。

見かけのM（R）28,000のRNAポリメラーゼSigma因子であるSigma Eは、Streptomyces coelicolorのアガロース遺伝子（DAGA）のP2プロモーターから転写を誘導する能力によって以前に特定されました。精製Sigma EのN末端配列から設計された縮退したオリゴヌクレオチドプローブを使用して、Sigma E遺伝子（SIGE）を分離しました。The predicted sequence of sigma E shows greatest similarity to sequences of seven other proteins: Myxococcus xanthus CarQ, Pseudomonas aeruginosa AlgU, Pseudomonas syringae HrpL, Escherichia coli sigma E, Alcaligenes eutrophus CnrH, E. coli FecI, and Bacillus subtilis SigX, a protein of未知関数。これらの8つのタンパク質は、多くの場合、標準的な類似性検索方法では特定されていない他のSigmaとは十分に異なるユーバクテリアRNAポリメラーゼ因子のサブファミリーを定義します。入手可能な情報は、それらがすべて外部腫瘍機能を調節し、それらが外筋腫瘍刺激に反応するエフェクター分子として機能することを示唆しています。A. eutrophus cnRHは、プラスミドエンコード因子のようです。

sigma E, an RNA polymerase sigma factor of apparent M(r) 28,000, was previously identified by its ability to direct transcription from the P2 promoter of the agarose gene (dagA) of Streptomyces coelicolor. A degenerate oligonucleotide probe, designed from the N-terminal sequence of purified sigma E, was used to isolate the sigma E gene (sigE). The predicted sequence of sigma E shows greatest similarity to sequences of seven other proteins: Myxococcus xanthus CarQ, Pseudomonas aeruginosa AlgU, Pseudomonas syringae HrpL, Escherichia coli sigma E, Alcaligenes eutrophus CnrH, E. coli FecI, and Bacillus subtilis SigX, a protein of unknown function. These eight proteins define a subfamily of eubacterial RNA polymerase factors sufficiently different from other sigma s that, in many cases, they are not identified by standard similarity searching methods. Available information suggests that all of them regulate extracytoplasmic functions and that they function as effector molecules responding to extracytoplasmic stimuli. A. eutrophus CnrH appears to be a plasmid-encoded factor.