ヨーロッパの分離株におけるHCVのエンベロープ領域の変動と診断ツールにとってその重要性

1989年のHCVの元の説明に続いて、膨大な量のシーケンスデータが利用可能になりました。これまでに公開された8つの完全なヌクレオチド配列に基づいて、少なくとも4つの遺伝子型を区別できます。追加のHCV分離株の部分配列は、さらなる遺伝子型の存在を示しています。血清学的なタイピングはまだ不可能です。ウイルスの検出のために、5 '非コーディング領域の逆転写と増幅が最も一般的に実行されます。ゲノムのこの領域は、すべての分離株の中で高度に保存されています。この研究では、HCV分離株を分類するために、E1およびE2遺伝子の領域を使用しました。ドイツ、クロアチア、ハンガリー、およびルーマニアからの異なるヨーロッパ分離株のE1およびE2遺伝子の領域のヌクレオチド配列が決定され、最近公開されたアメリカおよび日本のHCV分離株のRNA配列と比較されました。血清から抽出されたウイルスRNAの逆転写によって得られたcDNAは、ネストされたPCRによって増幅され、クローン化され、配列決定されました。E1の564ヌクレオチド（NT）内で、日本起源のシーケンスと比較して87-90％の相同性（およびAAレベルで89-92％相同性）、73-74％の相同性（AAレベルで77-81％）と比較して見つかりました。プロトタイプHCVシーケンス（PTHCV-I）。すべての特性分離株において、E2（643ヌクレオチド）の配列は、遺伝子型II配列と比較してヌクレオチドレベルで約83％の相同性を示し、遺伝子型Iと約70％の相同性を示しました。遺伝子型II配列のE2遺伝子。また、我々の結果は、ヨーロッパのHCV分離株からの他の報告とともに、遺伝子型IIがヨーロッパで支配的であることを示しています。

Following the original description of HCV in 1989 a tremendous amount of sequence data is now available. Based on the 8 complete nucleotide sequences published so far at least 4 genotypes can be distinguished. Partial sequences of additional HCV isolates indicate the existence of further genotypes. A serological typing is not yet possible. For detection of virus, reverse transcription and amplification of the 5' non coding region is most commonly performed. This region of the genome is highly conserved among all isolates. In this study we used regions of the E1 and E2 gene in order to classify HCV isolates. The nucleotide sequences of regions in E1 and E2 gene of different European isolates from Germany, Croatia, Hungary, and Rumania were determined and compared to recently published RNA sequences of American and Japanese HCV isolates. The cDNA, obtained by reverse transcription of viral RNA extracted from sera was amplified by nested PCR, cloned and sequenced. Within 564 nucleotides (nt) of E1 we found 87-90% homology (and 89-92% homology at aa level) compared to sequences of Japanese origin and 73-74% homology (77-81% at aa level) compared to the prototype HCV sequence (ptHCV-I). In all characterized isolates the sequence of E2 (643 nucleotides) showed a homology of about 83% at the nucleotide level as compared to genotype II sequences, and a homology of about 70% to genotype I. Our results confirm the existence of two hypervariable regions in the E2 gene of genotype II sequences. Our results also indicate together with other reports from European HCV isolates that genotype II is predominant in Europe.