2つの細胞培養適応バリアントと比較して、野生型型肝炎ウイルスGBMのヌクレオチド配列

細胞へのトロピズムとA型肝炎ウイルス（HAV）の減衰を研究するために、HAV野生型GBMと2つの細胞培養適応バリアントのゲノム、GBM/FRHKおよびGBM/HFSは、逆転写酵素による増幅後に増幅後にクローン化および配列決定されました。PCR。ウイルス栽培中、HAVバリアントGBM/FRHKは、HFSおよびFRHK-4細胞で成長できるGBM/HFSとは対照的に、FRHK-4細胞の厳密な宿主範囲を持っていました。HAVバリアントGBM/HFSは、チンパンジーに接種すると減衰することが示されました（B. Flehmig、R。F。Mauler、G。Noll、E。Weinmann、およびJ. P. Gregerson、p。87-90、A。Zuckerman、ed。、Viral肝炎および肝疾患、1988）。この生物学的背景に基づいて、これら3つのHAV GBMバリアントのヌクレオチド配列の比較は、細胞のトロピズムと減衰にとって重要な違いを解明するはずです。GBM野生型とHAV野生型HM175との間のゲノムの比較LA（R。Najarian、O。Caput、W。Gee、S。J。Potter、A。Renard、J。Merryweather、G。VanNest、およびD. Dina、Proc。Natl。Acad。Sci。USA82：2627-2631、1985）は92〜96.3％のアイデンティティを示しましたが、IDはGBMバリアント間で99.3〜99.6％でした。両方の細胞培養に適応したGBMバリアントで同一の野生型と細胞培養に適応したバリアントのヌクレオチドの違いは、5 '非コード領域に局在していました。2b、3b、および3d;3 '非コード領域で。2B/2C領域に関する我々の結果は、細胞培養適応にとって重要であることが示されていた位置3889（C-> T、アラニンからバライン）での突然変異を確認します（S. U. Emerson、C。Mcrill、B。Rosenblum、S. M.ファインストーン、およびR. H.パーセル、J。Virol。65：4882-4886、1991; S. U.エマーソン、Y。K。ファン、C。Mcrill、M。Lewis、およびR. H. Purcell、J。Virol。66：650-654、1992）、一方、他の変異は公開されているHAV配列データとは異なり、細胞特異的である可能性があります。2つの細胞培養に適応したGBMバリアントのさらなる比較により、細胞特異的変異が示され、GBMバリアントGBM/FRHKの3A領域で6つのアミノ酸と3つのアミノ酸が削除されました。

In order to study cell tropism and attenuation of hepatitis A virus (HAV), the genome of HAV wild-type GBM and two cell culture-adapted variants, GBM/FRhK and GBM/HFS, were cloned and sequenced after amplification by reverse transcriptase-PCR. During virus cultivation, the HAV variant GBM/FRhK had a strict host range for FRhK-4 cells, in contrast to GBM/HFS, which can be grown in HFS and FRhK-4 cells. The HAV variant GBM/HFS was shown to be attenuated when inoculated into chimpanzees (B. Flehmig, R. F. Mauler, G. Noll, E. Weinmann, and J. P. Gregerson, p. 87-90, in A. Zuckerman, ed., Viral Hepatitis and Liver Disease, 1988). On the basis of this biological background, the comparison of the nucleotide sequences of these three HAV GBM variants should elucidate differences which may be of importance for cell tropism and attenuation. The comparison of the genome between the GBM wild type and HAV wild types HM175 (J. I. Cohen, J. R. Ticehurst, R. H. Purcell, A. Buckler-White, and B. M. Baroudy, J. Virol. 61:50-59, 1987) and HAV-LA (R. Najarian, O. Caput, W. Gee, S. J. Potter, A. Renard, J. Merryweather, G. Van Nest, and D. Dina, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:2627-2631, 1985) showed a 92 to 96.3% identity, whereas the identity was 99.3 to 99.6% between the GBM variants. Nucleotide differences between the wild-type and the cell culture-adapted variants, which were identical in both cell culture-adapted GBM variants, were localized in the 5' noncoding region; in 2B, 3B, and 3D; and in the 3' noncoding region. Our result concerning the 2B/2C region confirms a mutation at position 3889 (C-->T, alanine to valine), which had been shown to be of importance for cell culture adaptation (S. U. Emerson, C. McRill, B. Rosenblum, S. M. Feinstone, and R. H. Purcell, J. Virol. 65:4882-4886, 1991; S. U. Emerson, Y. K. Huang, C. McRill, M. Lewis, and R. H. Purcell, J. Virol. 66:650-654, 1992), whereas other mutations differ from published HAV sequence data and may be cell specific. Further comparison of the two cell culture-adapted GBM variants showed cell-specific mutations resulting in deletions of six amino acids in the VP1 region and three amino acids in the 3A region of the GBM variant GBM/FRhK.