人間のゲノムライブラリで不十分に表されるDNAフラグメントの新しいカテゴリの識別とクローニング

標準プロトコルを使用して構築されたゲノムライブラリで一般的に過小評価されているゲノムシーケンスのより良い表現を保証するゲノムライブラリの調製のための代替戦略を開発しました。制限部位のクラスターを含むゲノム配列に対する見かけのバイアスを克服するために、非最適化制限消化を使用して、EMBL3ベクターにクローニングされたDNAフラグメントの混合物を生成しました。このプロトコルを検証するために、EMBL3ライブラリをスクリーニングして、プロラクチン誘導性遺伝子（PIP）の完全な長さのゲノムクローンを識別しました。スクリーニング4その他の市販のゲノムライブラリは、ゲノムDNAの制限消化のために標準的なプロトコルを使用して調製され、完全な長さのクローンを特定できませんでした。EMBL3ゲノムライブラリーの全長PIP遺伝子の表現のこの増加は、使用された挿入準備の方法に起因していることを示し、確立されたライブラリで不十分に表現される、または存在しないシーケンスの追加のサブセットが可能であることを示唆しています。この変更されたプロトコルを使用してクローン化されます。

We have developed an alternative strategy for the preparation of genomic libraries that ensures better representation of genomic sequences commonly underrepresented in genomic libraries constructed using standard protocols. To overcome the apparent bias against genomic sequences containing clusters of restriction sites we have used nonoptimized restriction digestions to generate a mixture of DNA fragments which have been cloned into the EMBL3 vector. To validate this protocol we have screened the EMBL3 library to identify a full length genomic clone of the prolactin-inducible gene (PIP). Screening 4 other, commercially available, genomic libraries prepared using standard protocols for restriction digestion of the genomic DNA failed to identify any full length clones. We show that this increase in the representation of the full length PIP gene in the EMBL3 genomic library is attributable to the method of insert preparation used and suggests that an additional subset of sequences that may be poorly represented in, or absent from, established libraries may be cloned using this modified protocol.