シンドビスウイルスのカプシドタンパク質の削除分析：RNA結合領域の同定

シンドビスウイルスのカプシドタンパク質は、ウイルスのライフサイクルに複数の機能を持っています。重要な機能の1つは、ウイルスのゲノムRNAと相互作用してヌクレオカプシドを形成することです。この記事で説明されている実験では、SindbisウイルスRNAへの結合に必要なタンパク質の領域を定義しています。使用したアッセイは、アガロースゲル中の電気泳動中のRNAとの移動に基づいて、in vitro翻訳タンパク質のRNAへの結合をRNAに測定しました。RNAへの結合は特異性を示しました。この配列を欠く同様のRNAよりも、SindbisウイルスRNAで以前に定義されたパッケージ信号を含むRNAに結合したより多くのタンパク質。カプシドタンパク質遺伝子のコーディング領域全体にフレーム内の削除を備えたcDNAを構築することにより、さまざまな削除された形式のカプシドタンパク質を生成することができました。次に、これらのcDNAをmRNAに転写し、in vitroで翻訳しました。Capsidタンパク質のC末端欠失は、コーディング領域内のサイトで線形化されたcDNAから転写産物を調製することにより得られました。私たちの研究では、RNA結合の特異性に不可欠な32アミノ酸領域を特定し、264アミノを含む無傷のSindbisウイルスカプシドタンパク質のほぼ完全な特異的RNA結合活性を示す68アミノ酸最小シーケンスを定義しました。酸。

The capsid protein of Sindbis virus has multiple functions in the life cycle of the virus. One essential function is to interact with the genomic RNA of the virus to form the nucleocapsid. The experiments described in this article define a region of the protein that is required for binding to Sindbis virus RNA. The assay we used measured the binding of in vitro-translated proteins to RNA on the basis of their migration with the RNA during electrophoresis in an agarose gel. Binding to RNA showed specificity; more protein bound to an RNA containing the previously defined packaging signal in Sindbis virus RNAs than to a similar RNA lacking this sequence. We were able to produce a variety of deleted forms of the capsid protein by constructing cDNAs with in-frame deletions throughout the coding region of the capsid protein gene. These cDNAs were then transcribed into mRNAs and translated in vitro. C-terminal deletions in the capsid protein were obtained by preparing transcripts from cDNAs linearized at sites within the coding region. Our studies identified a 32-amino-acid region that is essential for the specificity in RNA binding, and they defined a 68-amino-acid minimal sequence which displays almost the complete specific RNA binding activity of the intact Sindbis virus capsid protein containing 264 amino acids.