ラムダDNAパッケージングのIHFの機能II IHF結合部位を変化させる変異の効果と、ラムダ開発におけるCOSBの固有の曲がり

COSBは、ファージDNAパッケージングタンパク質であるテーマ型のLambda DNAの結合部位です。COSBには、GPNU1の3つの結合部位、ターミナーゼの小さなサブユニット、および統合ホスト因子（IHF）の部位が含まれています。IHFは、ラムダDNAパッケージングにおいてアクセサリーの役割を果たし、IHFは、おそらくターミナーゼとCOSBとの相互作用を支援することにより、ラムダのバーストサイズを数倍刺激します。現在の研究には、IHF結合部位の3つの隣接する基本ペアの変化で構成されるI1A-と呼ばれる変異のラムダの発達に対する効果の研究が含まれています。I1A変異は、ラムダバーストサイズのIHF刺激を廃止することがわかっており、IHFが変異体I1A部位に結合できないことを示しています。I1bと呼ばれる2番目の変異は、3つの隣接する塩基対の変化で構成されているため、COSBに見られる固有の曲がりを減らす変異です。Lambda I1b-は、Lambda+よりもIHFに依存しており、COSBの本質的な曲がりがIHF条件下でLambda+のCOS機能において役割を果たす可能性を高めています。in vitro DNAパッケージング実験は、I1変異がDNAパッケージ自体に影響することを確立しました。さまざまなCOSB欠陥を抑制できる末端を生成する一連のNu1変異は、IHF条件下でのI1aおよびI1B変異の欠陥を抑制することがわかった。

cosB is the binding site on lambda DNA for terminase, the phage DNA packaging protein. cosB contains three binding sites for gpNu1, the small subunit of terminase, and a site for integration host factor (IHF). IHF plays an accessory role in lambda DNA packaging, and IHF stimulates the burst size of lambda several-fold, presumably by assisting the interaction of terminase with cosB. The present work includes a study of the effect on lambda development of a mutation, called I1A-, which consists of three adjacent base-pair changes in the IHF binding site. The I1A- mutation was found to abolish IHF stimulation of the lambda burst size, indicating that IHF is unable to bind to the mutant I1A site. A second mutation, called I1B- and also consisting of three adjacent base-pair changes, is a mutation that reduces an intrinsic bend found in cosB. lambda I1B- was more dependent on IHF than lambda+, raising the possibility that the intrinsic bend in cosB plays a role in cos function for lambda+ under the IHF- conditions. In vitro DNA packaging experiments established that the I1 mutations affect DNA packaging per se. A series of Nu1 mutations that create terminases able to suppress a variety of cosB defects were found to suppress the defects of the I1A- and I1B- mutations under IHF- conditions.