アデニントラクトを含むDNAドデカマーは、ユニークな格子で結晶化し、新しい曲がり角を示します

D（CGCGAAAAAACG）/D（CGTTTTTTCGCG）の構造は、アデニン路によってDNA曲げを生み出す局所的な構造的特徴を推測するために、2.3 Aの解像度で決定されました。以前に報告されたすべてのB-DNAドデカマーは、a = 24.5 a、b = 40.3 a、c = 65.9 aの単位細胞寸法でspacegroup p2（1）2（1）2（1）を等型に結晶化しましたが、ここで報告された二重鎖はここで報告されています。別の格子で結晶化します（SpaceGroup P2（1）2（1）2、A = 44.8 A、B = 66.1 A、C = 42.9 Aの単位細胞寸法。DNAは、以前に決定されたアデニン路DNA結晶構造によって示された20度の曲がり角から180度離れたヘリックス軸に30度の曲げを示します。この曲がりは、溶液とゲル実験によってアデニン路について予測された曲がり角から90度離れています。アデニントラクトはまっすぐで、G+Cが豊富な領域で曲げが発生します。さまざまなアデニン路DNA結晶構造の比較により、ヘリックス軸の全体的な曲がりがまったく異なっていても、すべての場合において、アデニン路にはほぼ同一の構造があることが明らかになりました。これは、少なくとも結晶化の条件下では、アデニン路の構造が堅牢であることを意味します。アデニン路の塩基対は、分岐した水素結合と狭いマイナー溝の形成につながる大きなプロペラのねじれを示します。d（cgcgaaaaaacg）/d（cgtttttttcgcg）の結晶構造では、おそらくアデニン路の直線構造を安定化する軽微な溝の背骨が観察されます。A-Tractのこのまっすぐな構造は、繊維の回折、GEL実験、およびNMR研究の結果と一致していません。これは、溶液実験の結果を再解釈する必要があることを意味するかもしれませんが、結晶が成長した条件は、溶液実験が行われた条件とは異なります。結晶の成長に必要な2-メチル-2,4-ペンタンジオールは、最近のNMRの結果が水溶液中の水和の脊椎の存在を示していますが、ストレートA輸入を安定させる水分補給の脊椎の形成を促進する可能性が残っています。また、非自己修飾DNA構造が2つの方向で結晶格子に存在する可能性があるという以前に報告された観察を拡張しました。1つの鎖で臭素化されたドデカマーは、d（cgcaaaaaaagcg）/d（cgctttttttg cg）が、シーケンスの擬似ディアド軸の周りの180度回転に関連する結晶格子の2つの方向に配置されるという実験的証拠を提供します。400語で）

The structure of d(CGCGAAAAAACG)/d(CGTTTTTTCGCG) was determined at 2.3 A resolution in order to deduce the local structural features that give rise to DNA bending by adenine tracts. Whereas all previously reported B-DNA dodecamers have crystallized isomorphously (spacegroup P2(1)2(1)2(1) with unit cell dimensions of a = 24.5 A, b = 40.3 A, c = 65.9 A), the duplex reported here crystallizes in a different lattice (spacegroup P2(1)2(1)2 with unit cell dimensions of a = 44.8 A, b = 66.1 A, c = 42.9 A). The DNA exhibits a 30 degree bend in the helix axis that is 180 degrees away from the 20 degree bend exhibited by the adenine tract DNA crystal structures that have been previously determined. This bend is 90 degrees away from the bend predicted for an adenine tract by solution and gel experiments. The adenine tract is straight and bending occurs in the G+C-rich regions. Comparison of the various adenine tract DNA crystal structures reveals that in all cases the adenine tracts have nearly identical structures, even though the overall bends of the helix axes are quite different. This implies that the structure of the adenine tract is robust, at least under the conditions of crystallization. The base-pairs in the adenine tracts exhibit a large propeller twist that leads to the formation of bifurcated hydrogen bonds and a narrow minor groove. In the crystal structure of d(CGCGAAAAAACG)/d(CGTTTTTTCGCG), a minor groove spine of hydration is observed that probably stabilizes the straight structure of the adenine tract. This straight structure of the A-tract is not consistent with the results of fiber diffraction, gel experiments, and NMR studies. Although this may imply that the results of solution experiments need to be reinterpreted, the conditions under which the crystals were grown are different from those under which the solution experiments were done. The possibility remains that the 2-methyl-2,4-pentanediol necessary for crystal growth may facilitate formation of the spine of hydration that stabilizes the straight A-tract, although recent NMR results show the presence of the spine of hydration in aqueous solution. We have also extended our previously reported observation that non-self-complementary DNA structures can exist in the crystal lattice in two orientations. A dodecamer brominated on one strand provides experimental evidence that d(CGCAAAAAAGCG)/d(CGCTTTTTTG CG) is positioned in two orientations in the crystal lattice that are related by a 180 degree rotation around the pseudo-dyad axis of the sequence.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)