タンパク質のモル吸収係数を測定して予測する方法

タンパク質のモル吸収係数であるイプシロンは、通常、乾燥重量、窒素、またはアミノ酸分析によって測定される濃度に基づいています。ここで報告されている研究は、Edelhoch法がタンパク質のイプシロンを測定するための最良の方法であることを示唆しています。（この方法は、Gill and Von Hippel [1989、Anal Biochem 182：319-326]によって説明され、Edelhoch [1967、Biochemistry 6：1948-1954]のデータに基づいています）。280 nmでのタンパク質の吸光度は、TRP、Tyr、およびシスチン（ジスルフィド結合）の含有量に依存します。18のよく特徴づけられたタンパク質のサンプル中のこれらの発色団の平均イプシロン値が推定されており、水、プロパノール、6 mの塩酸ガニジン（GDNHCl）、および8 M尿素のエプシロン値が測定されています。TRPの場合、タンパク質の平均Epsilon値は、溶媒のいずれかで測定されたイプシロン値よりも少ない。Tyrの場合、タンパク質の平均Epsilon値は、6 m Gdnhclで測定されたものとプロパノールで測定されたものとの間の中間です。80のタンパク質の116の測定されたイプシロン値のサンプルに基づいて、水中の折り畳まれたタンパク質の280 nmのイプシロン、イプシロン（280）は、この方程式で最もよく予測できます：Epsilon（280）（M-1 CM-1）=（#trp）（5,500） +（#tyr）（1,490） +（#cystine）（125）これらのepsilon（280）値は、TRP残基を含むタンパク質に対して非常に信頼性が高く、そうでないタンパク質に対して信頼性が低いです。ただし、Edelhochメソッドは便利で正確であり、最良のアプローチはEpsilonを予測するのではなく測定することです。

The molar absorption coefficient, epsilon, of a protein is usually based on concentrations measured by dry weight, nitrogen, or amino acid analysis. The studies reported here suggest that the Edelhoch method is the best method for measuring epsilon for a protein. (This method is described by Gill and von Hippel [1989, Anal Biochem 182:319-326] and is based on data from Edelhoch [1967, Biochemistry 6:1948-1954]). The absorbance of a protein at 280 nm depends on the content of Trp, Tyr, and cystine (disulfide bonds). The average epsilon values for these chromophores in a sample of 18 well-characterized proteins have been estimated, and the epsilon values in water, propanol, 6 M guanidine hydrochloride (GdnHCl), and 8 M urea have been measured. For Trp, the average epsilon values for the proteins are less than the epsilon values measured in any of the solvents. For Tyr, the average epsilon values for the proteins are intermediate between those measured in 6 M GdnHCl and those measured in propanol. Based on a sample of 116 measured epsilon values for 80 proteins, the epsilon at 280 nm of a folded protein in water, epsilon (280), can best be predicted with this equation: epsilon (280) (M-1 cm-1) = (#Trp)(5,500) + (#Tyr)(1,490) + (#cystine)(125) These epsilon (280) values are quite reliable for proteins containing Trp residues, and less reliable for proteins that do not. However, the Edelhoch method is convenient and accurate, and the best approach is to measure rather than predict epsilon.