Bacteroides fragilisの単系統クラスターにおけるCFIA遺伝子の最近の固定は、複数の挿入要素の存在と相関しています

Bacteroides fragilisの16株の小型サブユニットリボソームDNA配列を測定し、以前に公開された配列と比較しました。3つの系統発生法（隣接する、最大尤度、および最大並行法）とブートストラップ分析を使用して、各トポロジの堅牢性を評価しました。すべての系統発生分析により、B。fragilis株は、CFIA陰性およびCFIA陽性グループに対応する2つの堅牢な単系統単位に明確に分割されたことが実証されました。以前に同定された2つのDNA相同性群の株は、2つの単系統単位に同様に分離されました。CFIAプローブを使用したハイブリダイゼーション信号の強度に応じて、CFIA陽性クラスターはさらに2つのグループに分割できます。この違いは、おそらく密接に関連する2つのCFIA型遺伝子の存在を反映している可能性があります。CFIA陽性株を強くハイブリダイズ化する場合、遺伝子は、カルバペネムおよびほとんどのベータラクタマゼ阻害剤にも高レベルの耐性を付与することができますが、CFIA陽性株の弱いハイブリダイズ型抵抗性のみが既知であることが知られています。発生することが。B. fragilisの単系統クラスター内のCFIA型遺伝子の存在は、明らかに種の少数のみを表している。このクラスターは、カルバペネム耐性の発現に重要な役割を果たすことがわかっているすべての既知のB. fragilis挿入要素の主要なプールでもあるという事実は、両方の遺伝的決定因子、すなわち耐性遺伝子（s）の両方の可能性を高めます。）および挿入要素は、共進化している可能性があります。

Small-subunit ribosomal DNA sequences of 16 strains of Bacteroides fragilis were determined and compared with previously published sequences. Three phylogenetic methods (the neighbor-joining, maximum-likelihood, and maximum-parsimony methods) as well as a bootstrap analysis were used to assess the robustness of each topology. All phylogenetic analyses demonstrated that the B. fragilis strains were clearly divided into two robust monophyletic units which corresponded to the cfiA-negative and cfiA-positive groups. Strains of two previously identified DNA homology groups separated similarly into the two monophyletic units. According to the intensity of the hybridization signal with a cfiA probe, the cfiA-positive cluster could be further divided into two groups. This difference might reflect the existence of two, probably closely related cfiA-type genes. In the strongly hybridizing cfiA-positive strains, the gene is capable of conferring high-level resistance to the carbapenems and to most beta-lactamase inhibitors as well, while in the weakly hybridizing cfiA-positive strains, only the latter type of resistance is known to occur. The presence of the cfiA-type genes within a monophyletic cluster of B. fragilis that apparently represents only a minority of the species B. fragilis is suggestive of a recent acquisition. The fact that this cluster is also the predominant pool of all known B. fragilis insertion elements, which have been found to play an important role in the expression of carbapenem resistance, raises the possibility that both genetic determinants, i.e., the resistance gene(s) and insertion elements, may have coevolved.