ネイティブおよび人工酵母染色体向けの新しいTY1を介した断片化法は、マウス鋼遺伝子がTY1統合のホットスポットであることを明らかにしています

Ty1を介した染色体断片化と呼ばれるゲノムの物理的分析のための強力な新しいツールを開発し、この方法を使用して24-レトロトランスポゾン挿入を2つの異なるマウス由来酵母人工染色体（YAC）にマッピングしました。レトロトランスポジションインジケーター遺伝子であるADE2AIでマークされたプラスミドエンコードGAL1：TY1融合要素の発現により、ADE2でマークされた単一のTY1挿入を維持した細胞の割合が高くなりました。YACに挿入されたTy1ade2が、URA3マークYACとのADE2遺伝子の共凝集によって同定された株。Ty1ade2要素は、エンドヌクレアーゼI-dmoiの部位も携帯していました。これは、酵母ゲノムのどこにも存在しないことを示しています。その結果、I-DMOIはTy1ade2挿入の一意の部位で単一の染色体またはYacを切断し、統合イベントの迅速なマッピングを可能にしました。我々の分析では、YACSへのTy1ade2統合の頻度は、ランダム挿入に基づいて予想されるものと同等であることが示されました。驚くべきことに、マウス鋼の遺伝子座の50 kbの転写ユニットは、TY1統合の非常に重要なホットスポットであることが示されました。哺乳類の転写ユニットのTy1挿入へのアクセスは、酵母転写ユニットのものとは対照的です。

We have developed a powerful new tool for the physical analysis of genomes called Ty1-mediated chromosomal fragmentation and have used the method to map 24-retrotransposon insertions into two different mouse-derived yeast artificial chromosomes (YACs). Expression of a plasmid-encoded GAL1:Ty1 fusion element marked with the retrotransposition indicator gene, ade2AI, resulted in a high fraction of cells that sustained a single Ty1 insertion marked with ADE2. Strains in which Ty1ADE2 inserted into a YAC were identified by cosegregation of the ADE2 gene with the URA3-marked YAC. Ty1ADE2 elements also carried a site for the endonuclease I-DmoI, which we demonstrate is not present anywhere in the yeast genome. Consequently, I-DmoI cleaved a single chromosome or YAC at the unique site of Ty1ADE2 insertion, allowing rapid mapping of integration events. Our analyses showed that the frequency of Ty1ADE2 integration into YACs is equivalent to or higher than that expected based on random insertion. Remarkably, the 50-kb transcription unit of the mouse Steel locus was shown to be a highly significant hotspot for Ty1 integration. The accessibility of mammalian transcription units to Ty1 insertion stands in contrast to that of yeast transcription units.