多数決による縮小コンセンサス ツリーとそのブートストラップでの使用

ブートストラップ分析は通常、多数型のコンポーネントコンセンサスツリーで要約されています。このコンセンサス方法は、複製されたコンポーネントに基づいており、すべてのコンポーネントコンセンサス方法と同様に、木間の他の種類の一致に鈍感です。最近開発されたコンセンサスの削減方法を使用して、複数の樹木間で仮定された系統関係に関する多くの追加の一致を要約できます。新しい方法は、コンセンサスツリーに表される関係と比較されるすべての木の間で一致する必要があるという意味で「厳格」です。多数派の削減されたコンセンサス方法が説明されており、ブートストラップ分析でのそれらの使用は、仮説的かつ実際の例で示されています。新しい方法は、特定のコンポーネントまたはクレードのサポートがないにもかかわらず、すべてのN-Taxonステートメント/パーティションのブートストラッププロポーションの要約を提供し、高いブートストラップの割合でサポートされる関係の仮説の識別を促進します。実際には、多数派ルールの減少コンセンサスプロファイルには多くの木が含まれている可能性があります。プロファイルのサイズは、付属の木の最小限のブートストラップの割合および/またはカーディナリティに対する制約によって縮小できます。多数のルール削減されたコンセンサスツリーは、プロファイルから事後に選択することもできます。マジョリティルールへのサロゲートは、広く使用されている系統発生推論ソフトウェアによって提供されるパーティションテーブルまたはツリー剪定オプションを使用したコンセンサス方法を削減しました。この方法は、ブートストラップ分析のより有益な要約を生成し、それにより複雑な系統発生仮説の長所と短所のより多くの情報に基づいた評価を促進するように設計されています。

Bootstrap analyses are usually summarized with majority-rule component consensus trees. This consensus method is based on replicated components and, like all component consensus methods, it is insensitive to other kinds of agreement between trees. Recently developed reduced consensus methods can be used to summarize much additional agreement on hypothesised phylogenetic relationships among multiple trees. The new methods are "strict" in the sense that they require agreement among all the trees being compared for any relationships to be represented in a consensus tree. Majority-rule reduced consensus methods are described and their use in bootstrap analyses is illustrated with a hypothetical and a real example. The new methods provide summaries of the bootstrap proportions of all n-taxon statements/partitions and facilitate the identification of hypotheses of relationships that are supported by high bootstrap proportions, in spite of a lack of support for particular components or clades. In practice majority-rule reduced consensus profiles may contain many trees. The size of the profile can be reduced by constraints on minimal bootstrap proportions and/or cardinality of the included trees. Majority-rule reduced consensus trees can also be selected a posteriori from the profile. Surrogates to the majority-rule reduced consensus methods using partition tables or tree pruning options provided by widely used phylogenetic inference software are also described. The methods are designed to produce more informative summaries of bootstrap analyses and thereby foster more informed assessment of the strengths and weaknesses of complex phylogenetic hypotheses.