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ホモプリンD（G1-3A）Nトラクトを含むDNA配列は、非B-DNAの立体構造を採用できることが知られています。これらの配列の構造的多型は、ホモプリンD（G1-3A）Nトラクトの構造特性の直接的な結果です。条件に応じて、D（GA）n DNA配列は、逆平行および平行鎖のホモドゥプレックス、マルチストレンド複合体、および順序付けられた一本鎖の立体構造を形成することができます。一方、D（GGA）NおよびD（GGGA）Nシーケンスの構造特性については、あまり知られていません。この論文では、D（GGA）NおよびD（GGGA）nが逆平行鎖、分子内ヘアピンを繰り返すことを示します。生理学的塩とpH条件下では、これらのヘアピン型の熱安定性が高く、50 mm NaClで40〜50度Cの範囲で融解温度を示します。）nおよびd（ggga）nヘアピンは異なります。G.Aペアは、D（GGA）Nヘアピンの安定性に重要に貢献します。一方、d（ggga）nヘアピンは、g.gとa.aの形成によって安定化されますが、g.aペアではありません。ホモプリンD（G1-3A）Nトラクトは、特殊な染色体機能（つまり、テロメア、セントロメア、および組換え「ホットスポット」）を実行するゲノム位置で頻繁に見られます。ここで説明する分子相互作用は、ホモプリン路を含むDNA配列の特異な構造的および生物学的特性の理解に関連しています。
ホモプリンD（G1-3A）Nトラクトを含むDNA配列は、非B-DNAの立体構造を採用できることが知られています。これらの配列の構造的多型は、ホモプリンD（G1-3A）Nトラクトの構造特性の直接的な結果です。条件に応じて、D（GA）n DNA配列は、逆平行および平行鎖のホモドゥプレックス、マルチストレンド複合体、および順序付けられた一本鎖の立体構造を形成することができます。一方、D（GGA）NおよびD（GGGA）Nシーケンスの構造特性については、あまり知られていません。この論文では、D（GGA）NおよびD（GGGA）nが逆平行鎖、分子内ヘアピンを繰り返すことを示します。生理学的塩とpH条件下では、これらのヘアピン型の熱安定性が高く、50 mm NaClで40〜50度Cの範囲で融解温度を示します。）nおよびd（ggga）nヘアピンは異なります。G.Aペアは、D（GGA）Nヘアピンの安定性に重要に貢献します。一方、d（ggga）nヘアピンは、g.gとa.aの形成によって安定化されますが、g.aペアではありません。ホモプリンD（G1-3A）Nトラクトは、特殊な染色体機能（つまり、テロメア、セントロメア、および組換え「ホットスポット」）を実行するゲノム位置で頻繁に見られます。ここで説明する分子相互作用は、ホモプリン路を含むDNA配列の特異な構造的および生物学的特性の理解に関連しています。
DNA sequences containing homopurine d(G1-3A)n tracts are known to be capable of adopting non-B-DNA conformations. The structural polymorphism of these sequences is a direct consequence of the structural properties of the homopurine d(G1-3A)n tracts. Depending on the conditions, d(GA)n DNA sequences can form antiparallel-and parallel-stranded homoduplexes, multistranded complexes, and ordered single-stranded conformations. On the other hand, much less is known about the structural properties of d(GGA)n and d(GGGA)n sequences. In this paper, we show that d(GGA)n and d(GGGA)n repeats form antiparallel-stranded, intramolecular hairpins. Under physiological salt and pH conditions, the thermal stability of these hairpin forms is high, showing, at 50 mM NaCl, melting temperatures in the range of 40-50 degrees C. The base-pairing interactions involved in the formation of the d(GGA)n and d(GGGA)n hairpins are different. G.A pairs importantly contribute to the stability of the d(GGA)n hairpins. On the other hand, the d(GGGA)n hairpins are stabilized by the formation of G.G and A.A, but not G.A pairs. Homopurine d(G1-3A)n tracts are frequently found at genomic locations performing specialized chromosomal functions (i.e. telomeres, centromeres, and recombination "hot-spots"). The molecular interactions described here are relevant for the understanding of the peculiar structural and biological properties of DNA sequences containing homopurine tracts.
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