量ではなく品質：フイズフィッシュゲノム

フグのゲノム、フーグルーブリペス（fugu）はコンパクトです。哺乳類に類似した遺伝子補体とわずか400 MBのゲノムサイズがあるため、遺伝子密度は6〜7 kbごとに平均値が高くなっています。このゲノムの初期の特性評価は、遺伝子ははるかに小さく、より密に間隔を空けているが、イントロン/エクソン構造が保存されていることが示されています。ゲノムにはほとんど反復的なDNAがあり、これにより比較ゲノム研究が大幅に促進されます。遺伝子のコーディング含有量は、いくつかの遺伝子の重要な調節要素と同様に高度に保存されています。ただし、他のDNAはそうではなく、これにより、FUGUと哺乳類の遺伝子の間の相同コーディング配列の同定が可能になります。Fuguのゲノムはヒトゲノムの7.5倍小さいですが、すべての遺伝子が比例して減少するわけではありません。ゲノムの一部の領域は、哺乳類のゲノムでシンテニーを保存していることを示していますが、現時点では短い物理距離のみが調べられています。ゲノムの構造も研究されています。初期データは、これが哺乳類で見られるものとは異なる可能性があることを示唆しています。この初期の脊椎動物のゲノムに同じ種類のイソコア構造が存在することは明らかではありません。メチル化のパターンは異なる場合があり、CPG島の異なる分布が生じます。FUGUのゲノムからのリソースとデータの両方を一元化して、すべてが他の生物のデータベースと統合される単一の公開可能なデータベースにすべてを統合できるようにしようとしています。

The genome of the pufferfish, Fugu rubripes (Fugu) is compact. With a similar gene complement to mammals and a genome size of just 400 Mb, gene density is high averaging one every 6-7 kb. Initial characterization of this genome has shown that although genes are much smaller and more densely spaced, their intron/exon structure is conserved with the resulting introns being small. There is little repetitive DNA in the genome and this greatly facilitates comparative genomic studies. The coding content of genes is highly conserved as are critical regulatory elements of some genes. Other DNA is not, however, and this allows the identification of homologous coding sequence between Fugu and mammalian genes. Although the genome of Fugu is 7.5 times smaller than the human genome, not all genes are reduced proportionately. Some regions of the genome show conserved synteny with mammalian genomes, although at the present time only short physical distances have been examined. The structure of the genome is also being studied. Initial data suggest that this may be different to that found in mammals. It is not clear that the same kind of isochore structure is present in this early vertebrate genome. Patterns of methylation may be different resulting in a different distribution of CpG islands. An attempt is being made to centralize both resources and data from the genome of Fugu so that everything may be integrated into a single, publicly accessible database which in turn, may be integrated with databases from other organisms.