ネコ免疫不全ウイルスの遺伝的多様性：エンベロープシーケンスクレード間の二重感染、組換え、および異なる進化率

ネコ免疫不全ウイルス（FIV）の迅速な遺伝分析のために、エンベロープ表面タンパク質コーディングシーケンスの3番目と4番目の変数領域にまたがるFIVエンベロープ遺伝子のPCR増幅断片を利用するヘテロドゥプレックスモビリティアッセイ（HMA）を開発しました。ウイルスシーケンスは、オーストラリア、カナダ、ドイツ、イタリア、南アフリカ、および米国の98の天然感染猫の血液検体から成功裏に増幅されました。80は、AまたはBエンベロープシーケンスサブタイプに明確に割り当てられました。3つはサブタイプCに属し、1つはAおよびB envサブタイプを抱えるウイルスに二重感染し、いくつかは確立されたサブタイプのいずれかの外れ値または可能性のある相互サブタイプ組換え物として分類されました。一部の地理的クラスタリングは明らかであり、それぞれ米国の西部および東部地域でより大きな頻度でサブタイプAとBが見られました。サブタイプA、B、およびCは複数の大陸で発見され、分析された3つ以上のサンプルがある国には少なくとも2つのサブタイプが含まれていました。サブタイプの最も広い表現は、ドイツのミュンヘンで見つかりました。そこでは、HMAによって分類できない3つのサブタイプと1つのウイルスが見つかりました。HMAに使用されるENVの同じ領域でDNA配列決定のために13のサンプルが選択されました。これと以前の研究から利用可能なすべてのFIV Envシーケンスの分析により、サブタイプA/B、B/D、およびA/Cエンベロープ遺伝子配列から生成された組換えウイルスの存在が明らかになりました。サブタイプのENVシーケンスは、サブタイプBシーケンスよりも多様ではありませんでしたが、両方のグループにはよくサポートされたクラスターがありました。さらに、2つのサブタイプの多様化を引き起こす突然変異パターンは異なり、サブタイプAウイルスはサブタイプBと比較して同様の同義のサイト変異を示していますが、同様のレベルの非同一のサイトの変化を示しています。これらの結果は、FIV-Bが古いウイルス群であり、おそらくFIV-Aよりも宿主が適応されるという仮説と一致しています。

For the rapid genetic analysis of feline immunodeficiency virus (FIV), we developed a heteroduplex mobility assay (HMA) that utilizes a PCR-amplified fragment of the FIV envelope gene spanning the third and fourth variable regions of the envelope surface protein coding sequence. Viral sequences were successfully amplified from blood specimens from 98 naturally infected cats from Australia, Canada, Germany, Italy, South Africa, and the United States. Eighty were clearly assignable to the A or B envelope sequence subtypes. Three belonged to subtype C, one was dually infected with viruses harboring the A and B env subtypes, and several were categorized as outliers to any of the established subtypes or as probable intersubtype recombinants. Some geographic clustering was evident, with subtypes A and B found in greater frequency in the western and eastern regions of the United States, respectively. Subtypes A, B, and C were found on more than one continent, and countries with more than two samples analyzed contained at least two subtypes. The broadest representation of subtypes was found in Munich, Germany, where three subtypes and one virus that was not classifiable by HMA were found. Thirteen samples were selected for DNA sequence determination over the same region of env used for HMA. Analysis of all available FIV env sequences from this and previous studies revealed the existence of recombinant viruses generated from subtype A/B, B/D, and A/C envelope gene sequences. Subtype A env sequences were less diverse than subtype B sequences, although both groups had well-supported clusters. Furthermore, the mutational pattern giving rise to diversification in the two subtypes differed, with the subtype A viruses showing half as many synonymous site mutations compared to subtype B yet showing similar levels of nonsynonymous site changes. These results are consistent with the hypothesis that FIV-B is an older virus group and is possibly more host adapted than FIV-A.