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最近、大腸菌のリボソームS16タンパク質は、スーパーコイルDNA分子にニックを導入するマグネシウム依存性のDNaseであることを示しました[Oberto、J.、Bonnefoy、E.、Mouray、E.、Pellegrini、O.、Wikstrom、P。M.＆Rouvière-Yaniv、J。（1996）Mol。マイクロビオール。19、1319-1330]。この作業では、2つの異なるアプローチを使用して、S16のDNA結合およびDNA-nicking特性を分析しました。ゲルリターンアッセイは、S16が十字形のDNA構造の優先結合を示す構造固有のDNA結合タンパク質であることを示しました。十字形のDNAへのこの特異的結合は、in vivoでcruciform様構造を形成できる豊富なパリンドローム配列を持つ（a+t）豊富なDNA領域である大腸菌（ORIC）の複製の起源を運ぶスーパーコイルプラスミドを使用してさらに調査されました。。ORICでS16によって導入されたニックは、ランダムに配置されていないが、そのようなパリンドロームシーケンスの近くに正確に局在化されていることを示します。さらに、S16によって導入されたカットがアデニンの隣で発生したため、S16のニック活動は配列依存であると思われました。ほとんどの場合、対面のアデニンは通常GTT配列が続きます。全体として、これらの実験は、S16が特定の一本鎖切断をDNA分子に導入するために、DNAと特定の配列の存在を結合するために十字形様DNA構造を必要とすることを示しています。
最近、大腸菌のリボソームS16タンパク質は、スーパーコイルDNA分子にニックを導入するマグネシウム依存性のDNaseであることを示しました[Oberto、J.、Bonnefoy、E.、Mouray、E.、Pellegrini、O.、Wikstrom、P。M.＆Rouvière-Yaniv、J。（1996）Mol。マイクロビオール。19、1319-1330]。この作業では、2つの異なるアプローチを使用して、S16のDNA結合およびDNA-nicking特性を分析しました。ゲルリターンアッセイは、S16が十字形のDNA構造の優先結合を示す構造固有のDNA結合タンパク質であることを示しました。十字形のDNAへのこの特異的結合は、in vivoでcruciform様構造を形成できる豊富なパリンドローム配列を持つ（a+t）豊富なDNA領域である大腸菌（ORIC）の複製の起源を運ぶスーパーコイルプラスミドを使用してさらに調査されました。。ORICでS16によって導入されたニックは、ランダムに配置されていないが、そのようなパリンドロームシーケンスの近くに正確に局在化されていることを示します。さらに、S16によって導入されたカットがアデニンの隣で発生したため、S16のニック活動は配列依存であると思われました。ほとんどの場合、対面のアデニンは通常GTT配列が続きます。全体として、これらの実験は、S16が特定の一本鎖切断をDNA分子に導入するために、DNAと特定の配列の存在を結合するために十字形様DNA構造を必要とすることを示しています。
We have recently shown that the ribosomal S16 protein of Escherichia coli is a magnesium-dependent DNase which introduces nicks into supercoiled DNA molecules [Oberto, J., Bonnefoy, E., Mouray, E., Pellegrini, O., Wikstrom, P. M. & Rouvière-Yaniv, J. (1996) Mol. Microbiol. 19, 1319-1330]. In this work we analysed the DNA-binding and DNA-nicking properties of S16 using two different approaches. Gel-retardation assays showed that S16 is a structure-specific DNA-binding protein displaying a preferential binding for cruciform DNA structures. This specific binding to cruciform DNA was further investigated using a supercoiled plasmid carrying the origin of replication of E. coli (oriC) which is an (A+T)-rich DNA region with abundant palindromic sequences susceptible of forming cruciform-like structures in vivo. We show that the nicks introduced by S16 in oriC are not randomly positioned but are precisely localised near such palindromic sequences. In addition, the nicking activity of S16 appeared to be sequence dependent since the cuts introduced by S16 occurred next to an adenine, in most cases an unpaired adenine, usually followed by a GTT sequence. Overall these experiments indicate that S16 requires a cruciform-like DNA structure to bind DNA and the presence of a particular sequence in order to introduce specific single-stranded cuts into a DNA molecule.
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