スピロプラズマmelliferum（A56）および種の境界を越えたタンパク質の特性評価のプロテオーム分析

スピロプラズマmelliferum（クラス：モリクート）は、800-1000の遺伝子製品をコードする約1460 kbpのゲノムを備えた壁のないらせん細菌です。S. melliferumの2次元電気泳動ゲル参照マップは、8つの高品質ゲルのPhoretix 2-D Gelソフトウェア分析によって生成されました。参照マップには、456個の銀染色および複製されたタンパク質スポットが表示されました。S. melliferumからの156タンパク質（可視タンパク質斑の34％）は、次の1つまたは組み合わせによってさらに特徴付けられました：アミノ酸分析、マトリックス支援レーザー脱着イオン化時間（Maldi-Tofof）質量分析、およびN末端タンパク質微小シーケンス。他の種から以前に決定されたものと密接な関係を持つタンパク質は、種の障壁を越えて特定されました。したがって、この研究は、シーケンスベースのアプローチとは対照的に、種の境界を越えたタンパク質特性評価のための主に「ユニークな数値パラメーター」の帰属に基づいたプロテオームの最初の大規模な分析を表しています。このアプローチにより、核酸またはタンパク質配列情報に基づく研究の場合と同様に、すべてのデータベースエントリを相同性のスクリーニングが可能になりました。この生物から研究されたいくつかのタンパク質は、仮説的であると特定されているか、データベースにすでに密接なホモログが存在していません。解糖、翻訳、転写、細胞プロセス、エネルギー代謝、タンパク質合成などの主要ファミリからの遺伝子生成が特定されました。S. melliferumで特徴付けられたいくつかの遺伝子生成物は、マイコプラズマ性器と肺炎菌（両方とも密接に関連するムリクート）ゲノムの研究では以前は発見されていませんでした。S. melliferumにおけるそのような遺伝子生成物の存在は、最も小さな既知の自由生活生物と比較して、ゲノムサイズの観点から議論されています。最後に、S。melliferumの遺伝子産物の発現レベルは、指数関数的に成長した細胞で発現するすべての可視タンパク質に関連する総光強度に関して決定されました。

Spiroplasma melliferum (Class: Mollicutes) is a wall-less, helical bacterium with a genome of approximately 1460 kbp encoding 800-1000 gene-products. A two-dimensional electrophoresis gel reference map of S. melliferum was produced by Phoretix 2-D gel software analysis of eight high quality gels. The reference map showed 456 silver-stained and replicated protein spots. 156 proteins (34% of visible protein spots) from S. melliferum were further characterised by one, or a combination, of the following: amino acid analysis, peptide-mass fingerprinting via matrix assisted laser desorption ionisation-time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry, and N-terminal protein microsequencing. Proteins with close relationship to those previously determined from other species were identified across species barriers. Thus, this study represents the first larger-scale analysis of a proteome based upon the attribution of predominantly 'unique numerical parameters' for protein characterisation across species boundaries, as opposed to a sequence-based approach. This approach allowed all database entries to be screened for homology, as is currently the case for studies based on nucleic acid or protein sequence information. Several proteins studied from this organism were identified as hypothetical, or having no close homolog already present in the databases. Gene-products from major families such as glycolysis, translation, transcription, cellular processes, energy metabolism and protein synthesis were identified. Several gene-products characterised in S. melliferum were not previously found in studies of the entire Mycoplasma genitalium and Mycoplasma pneumoniae (both closely related Mollicutes) genomes. The presence of such gene-products in S. melliferum is discussed in terms of genome size as compared with the smallest known free-living organisms. Finally, the levels of expression of S. melliferum gene-products were determined with respect to total optical intensity associated with all visible proteins expressed in exponentially grown cells.