レトロトランスポゾンにおける準ピーシー：TNT1進化における配列変動の役割

レトロウイルス複製は非常にエラーが発生しやすいプロセスです。レトロウイルスの複製は、「準異常」と呼ばれる密接に関連するが異なるゲノムの集団を生じます。異なるシーケンスのこの巨大な群れは、環境の変化の場合に潜在的に有用なゲノムの貯水池を構成し、極端な適応性を備えたレトロウイルスを吸着させます。レトロトランスポゾンは、レトロウイルスに密接に関連する可動性遺伝的要素であり、レトロトランスポジションはレトロウイルス複製と同じくらい誤差が発生しやすいです。TNT1レトロトランスポゾンは、高レベルの配列不均一性を示すタバコのゲノムに数百コピーに存在します。TNT1が発現すると、そのRNAは単一の配列ではなく、準種のような構造を示す配列の集団です。この集団構造は、レトロウイルスの場合のように、高い配列可塑性と適応能力を提供します。この適応性をNicotianaゲノムにおけるTNT1メンテナンスの主な理由として提案し、このホワイトペーパーでは、TNT1進化のシーケンス変動の重要性について説明します。

Retroviral replication is a very error-prone process. Replication of retroviruses gives rise to populations of closely related but different genomes referred to as 'quasispecies'. This huge swarm of different sequences constitutes a reservoir of potentially useful genomes in case of an environmental change, endowing retroviruses with extreme adaptability. Retrotransposons are mobile genetic elements closely related to retroviruses, and retrotransposition is as error prone as retroviral replication. The Tnt1 retrotransposon is present in hundreds of copies in the genome of tobacco that show a high level of sequence heterogeneity. When Tnt1 is expressed, its RNA is not a single sequence but a population of sequences displaying a quasispecies-like structure. This population structure gives to Tnt1, as in the case of retroviruses, a high sequence plasticity and an adaptive capacity. We propose this adaptivity as the major reason for Tnt1 maintenance in Nicotiana genomes and we discuss in this paper the importance of sequence variability for Tnt1 evolution.