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Parasitology1998Mar01Vol.116 ( Pt 3)issue()

核リボソーム内部転写スペーサーとミトコンドリアCO1およびND1遺伝子の相対的なメリットは、エキノストマ種を区別するための(Trematoda)

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文献タイプ:
  • Comparative Study
  • Journal Article
概要
Abstract

37の襟脊髄エキノストーマグループに属する謎症状は、核rDNA ITS(884塩基)とmtDNA CO1(257塩基)およびND1(530塩基)シーケンスを使用して際立っていました。シーケンスは、5つの37の襟型種、Echinostoma Trivolvis、E。Paraensei、E。Caproni、E。Revolutum、およびE. Sp.iから得られました。E. caproniの3つの地理的分離株を比較しました。37の襟型種の平均配列の発散は、RDNAの2.2%からCO1で8%、ND1で14%です。さらに、遺伝子は、2つの非37の襟脊椎種、E。Hortenseと記載されていないオーストラリア種、E。Sp。から配列決定されました。(aus)。各遺伝子について、予測された祖先配列からの端子の距離が計算されました。これらは、ND1が他の2つの領域よりも大幅に速く分岐していることを示しています。CO1遺伝子では、ほとんどの置換は同義語であり、ペアワイズ比較の大部分について飽和に達しました。ND1遺伝子は、より大きなペアワイズの発散を示しますが、第1コドンと第2コドンの位置の保存が弱いため、飽和の証拠は少なくなります。ITSにはアミノ酸コーディングの制約がなく、飽和の証拠も表示されません。3つの領域はすべて公称種の際立って際立っていますが、ND1は37の襟型グループ内の関係を調査するための最も有益な領域であると思われます。

37の襟脊髄エキノストーマグループに属する謎症状は、核rDNA ITS(884塩基)とmtDNA CO1(257塩基)およびND1(530塩基)シーケンスを使用して際立っていました。シーケンスは、5つの37の襟型種、Echinostoma Trivolvis、E。Paraensei、E。Caproni、E。Revolutum、およびE. Sp.iから得られました。E. caproniの3つの地理的分離株を比較しました。37の襟型種の平均配列の発散は、RDNAの2.2%からCO1で8%、ND1で14%です。さらに、遺伝子は、2つの非37の襟脊椎種、E。Hortenseと記載されていないオーストラリア種、E。Sp。から配列決定されました。(aus)。各遺伝子について、予測された祖先配列からの端子の距離が計算されました。これらは、ND1が他の2つの領域よりも大幅に速く分岐していることを示しています。CO1遺伝子では、ほとんどの置換は同義語であり、ペアワイズ比較の大部分について飽和に達しました。ND1遺伝子は、より大きなペアワイズの発散を示しますが、第1コドンと第2コドンの位置の保存が弱いため、飽和の証拠は少なくなります。ITSにはアミノ酸コーディングの制約がなく、飽和の証拠も表示されません。3つの領域はすべて公称種の際立って際立っていますが、ND1は37の襟型グループ内の関係を調査するための最も有益な領域であると思われます。

Cryptic species, belonging to the 37 collar-spine Echinostoma group, were distinguished using nuclear rDNA ITS (884 bases) and mtDNA CO1 (257 bases) and ND1 (530 bases) sequences. Sequences were obtained from five 37 collar-spine species, Echinostoma trivolvis, E. paraensei, E. caproni, E. revolutum and E. sp.I, a parthenogenetic isolate from Africa. Three geographic isolates of E. caproni were compared. Average sequence divergence among the 37 collar-spine species range from 2.2% in the rDNA ITS through 8% for the CO1 and 14% for the ND1. In addition, genes were sequenced from 2 non 37 collar-spine species, E. hortense and an undescribed Australian species, E. sp. (Aus). For each gene, distances of terminals from a predicted ancestral sequence were calculated. These indicated that ND1 is diverging significantly faster than the other 2 regions. In the CO1 gene most substitutions are synonymous and saturation has been reached for the majority of pairwise comparisons. The ND1 gene exhibits greater pairwise divergence but less evidence of saturation due to weaker conservation of first and second codon positions. The ITS has no amino acid coding constraints and displays no evidence of saturation. Although all 3 regions successfully distinguished the nominal species, ND1 appears to be the most informative region for investigating relationships within the 37 collar-spine group.

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