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私たちは、Pisum sativumのゲノムに約5000コピーで存在する、新しい巨大なジプシーのようなレトロトランスポゾンであるサイクロプスを特徴づけました。個々の元素Cyclops-2は、それぞれ1504 bpと1594 bpのロングターミナルリピート（LTR）を含む12 314 bpを測定し、互いに4.1％のシーケンスの発散を示しています。Cyclops-2には、Polypurine Tract（PPT）とTRNA-Gluを相補的に異常なプライマー結合部位（PBS）が搭載しています。この要素は5 bpのターゲットサイトの複製によって制限され、レトロウイルス遺伝子ギャグ（424コドン）とPoL（1382コドン）との相同性がある3つの連続した内部領域と、要素の電位容量を示す不明な機能の追加のオープンリーディングフレーム（423コドン）が存在します。遺伝子形質導入用。POL領域には、レトロウイルスとジプシー様レトロトランスポゾンで知られている同じ典型的な順序（5'-PR-RT-RH-in-3 '）で、酵素プロテアーゼ、逆転写酵素、RNase H、およびインテグラーゼに関連する配列モチーフが含まれています。POL領域の読み取りフレームは、Cyclops-2が機能性酵素をコードしないことを示唆するいくつかの変異によって破壊されます。逆転写酵素ドメインの系統解析により、エンドウからのサイクロプスは、植物からの前述のジプシー様要素と特定の関係がない新しい要素であるという微分遺伝的評価を確認します。ゲノムサザンハイブリダイゼーションは、サイクロプスがエンドウ豆だけでなく、共通の豆、ムングビーン、広い豆、大豆、およびエンドウナッツにも豊富であることを示しており、サイクロプスは農業的に重要なマメ科植物のゲノムを分析するための有用な遺伝子ツールである可能性があることを示しています。
私たちは、Pisum sativumのゲノムに約5000コピーで存在する、新しい巨大なジプシーのようなレトロトランスポゾンであるサイクロプスを特徴づけました。個々の元素Cyclops-2は、それぞれ1504 bpと1594 bpのロングターミナルリピート（LTR）を含む12 314 bpを測定し、互いに4.1％のシーケンスの発散を示しています。Cyclops-2には、Polypurine Tract（PPT）とTRNA-Gluを相補的に異常なプライマー結合部位（PBS）が搭載しています。この要素は5 bpのターゲットサイトの複製によって制限され、レトロウイルス遺伝子ギャグ（424コドン）とPoL（1382コドン）との相同性がある3つの連続した内部領域と、要素の電位容量を示す不明な機能の追加のオープンリーディングフレーム（423コドン）が存在します。遺伝子形質導入用。POL領域には、レトロウイルスとジプシー様レトロトランスポゾンで知られている同じ典型的な順序（5'-PR-RT-RH-in-3 '）で、酵素プロテアーゼ、逆転写酵素、RNase H、およびインテグラーゼに関連する配列モチーフが含まれています。POL領域の読み取りフレームは、Cyclops-2が機能性酵素をコードしないことを示唆するいくつかの変異によって破壊されます。逆転写酵素ドメインの系統解析により、エンドウからのサイクロプスは、植物からの前述のジプシー様要素と特定の関係がない新しい要素であるという微分遺伝的評価を確認します。ゲノムサザンハイブリダイゼーションは、サイクロプスがエンドウ豆だけでなく、共通の豆、ムングビーン、広い豆、大豆、およびエンドウナッツにも豊富であることを示しており、サイクロプスは農業的に重要なマメ科植物のゲノムを分析するための有用な遺伝子ツールである可能性があることを示しています。
We characterized a novel giant Gypsy-like retrotransposon, Cyclops, present in about 5000 copies in the genome of Pisum sativum. The individual element Cyclops-2 measures 12 314 bp including long terminal repeats (LTRs) of 1504 bp and 1594 bp, respectively, showing 4.1% sequence divergence between one another. Cyclops-2 carries a polypurine tract (PPT) and an unusual primer binding site (PBS) complementary to tRNA-Glu. The element is bounded by 5 bp target site duplications and harbors three successive internal regions with homology to retroviral genes gag (424 codons) and pol (1382 codons) and an additional open reading frame (423 codons) of unknown function indicating the element's potential capacity for gene transduction. The pol region contains sequence motifs related to the enzymes protease, reverse transcriptase, RNAse H and integrase in the same typical order (5'-PR-RT-RH-IN-3') known for retroviruses and Gypsy-like retrotransposons. The reading frame of the pol region is disrupted by several mutations suggesting that Cyclops-2 does not encode functional enzymes. A phylogenetic analysis of the reverse transcriptase domain confirms our differential genetic assessment that Cyclops from pea is a novel element with no specific relationship to the previously described Gypsy-like elements from plants. Genomic Southern hybridizations show that Cyclops is abundant not only in pea but also in common bean, mung bean, broad bean, soybean and the pea nut suggesting that Cyclops may be an useful genetic tool for analyzing the genomes of agronomically important legumes.
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