Pseudomonas putidaのPUプロモーターへのSigma54-RNAポリメラーゼの積極的なリクルートメント：IHFとalphactDの役割

Sigma54含有RNAポリメラーゼ（Sigma54-RNAP）のPudomonas putidaのPUプロモーターへの結合を決定する配列要素が検査されています。関連システムの以前の結果とは反対に、統合ホスト因子（IHF）結合が酵素の-12/-24シーケンスモチーフへの動員を刺激することを示します。このような募集は、システムの活性化因子であるXylrに完全に独立しており、RNAPのアルファサブユニットのC末端ドメインと、Sigma70のUP要素を連想させるIHF部位の特定のDNA配列との相互作用を必要とします。プロモーター。私たちのデータは、この相互作用が主に、IHF結合とその後のDNA曲げによって引き起こされるプロモーター領域の明確なジオメトリによってもたらされることを示しています。これらの結果は、Sigma54-RNAPのプロモーターへの結合は、-12/-24サイトのSigma54-RNAPの唯一の固有の親和性以外の要因（例えばIHF）によって規制を受けることができるステップであるという見解を支持しています。

The sequence elements determining the binding of the sigma54-containing RNA polymerase (sigma54-RNAP) to the Pu promoter of Pseudomonas putida have been examined. Contrary to previous results in related systems, we show that the integration host factor (IHF) binding stimulates the recruitment of the enzyme to the -12/-24 sequence motifs. Such a recruitment, which is fully independent of the activator of the system, XylR, requires the interaction of the C-terminal domain of the alpha subunit of RNAP with specific DNA sequences upstream of the IHF site which are reminiscent of the UP elements in sigma70 promoters. Our data show that this interaction is mainly brought about by the distinct geometry of the promoter region caused by IHF binding and the ensuing DNA bending. These results support the view that binding of sigma54-RNAP to a promoter is a step that can be subjected to regulation by factors (e.g. IHF) other than the sole intrinsic affinity of sigma54-RNAP for the -12/-24 site.