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アミノ酸残基アルギニン(R)とリジン(K)は同様の物理化学的特性を持ち、タンパク質機能に影響を与えることなく進化中に相互に置換されることがよくあります。ヒトタンパク質の統計検査では、r残基の近接でK残基よりも多くのRが使用されているのに対し、Kよりも多くのKがK残基の近くで使用されることが示されています。この偏った使用は、グローバルスケールとローカルスケールの両方で発生します(約100残基よりも短い)。特定のエクソン内でさえ、G + CリッチおよびA + Tリッチの短いDNAセグメントは、それぞれRとKを優先的にエンコードします。ローカルスケールでのRとKの偏った使用は、Saccharomyces cerevisiaeとCaenorhabdidtis Elegansでも見られます。RおよびKに加えて、いくつかのアミノ酸も、第3コドン塩基の局所GC%と正または負の相関を伴って使用されます。DNA配列の局所的、または「遺伝子内」 - スケールの不均一性は、エンコードされたタンパク質セグメントの配列に影響を与える可能性があります。
アミノ酸残基アルギニン(R)とリジン(K)は同様の物理化学的特性を持ち、タンパク質機能に影響を与えることなく進化中に相互に置換されることがよくあります。ヒトタンパク質の統計検査では、r残基の近接でK残基よりも多くのRが使用されているのに対し、Kよりも多くのKがK残基の近くで使用されることが示されています。この偏った使用は、グローバルスケールとローカルスケールの両方で発生します(約100残基よりも短い)。特定のエクソン内でさえ、G + CリッチおよびA + Tリッチの短いDNAセグメントは、それぞれRとKを優先的にエンコードします。ローカルスケールでのRとKの偏った使用は、Saccharomyces cerevisiaeとCaenorhabdidtis Elegansでも見られます。RおよびKに加えて、いくつかのアミノ酸も、第3コドン塩基の局所GC%と正または負の相関を伴って使用されます。DNA配列の局所的、または「遺伝子内」 - スケールの不均一性は、エンコードされたタンパク質セグメントの配列に影響を与える可能性があります。
Amino acid residues arginine (R) and lysine (K) have similar physicochemical characteristics and are often mutually substituted during evolution without affecting protein function. Statistical examinations on human proteins show that more R than K residues are used in the proximity of R residues, whereas more K than R are used near K residues. This biased use occurs on both a global and a local scale (shorter than approximately 100 residues). Even within a given exon, G + C-rich and A + T-rich short DNA segments preferentially encode R and K, respectively. The biased use of R and K on a local scale is also seen in Saccharomyces cerevisiae and Caenorhabdidtis elegans, which lack global-scale mosaic structures with varying GC%, or isochores. Besides R and K, several amino acids are also used with a positive or negative correlation with the local GC% of third codon bases. The local-, or "within-gene"-, scale heterogeneity of the DNA sequence may influence the sequence of the encoded protein segment.
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