生物学的データベースの高度なクエリメカニズム

生物学的データベースの既存のクエリインターフェイスは、固定フォームまたはテキストクエリ言語に基づいています。固定されたフォームベースのクエリインターフェイスのユーザーは、基礎となるデータベースの固定ビューを提供する事前定義されたクエリを実行することに限定されていますが、無料テキストクエリ言語ベースのインターフェイスのユーザーは、基礎となるデータモデル、特定のクエリ言語、および特定のクエリ言語を理解する必要があります。クエリを策定するためのアプリケーションスキーマ。さらに、通常、独自のフォーマット要件と特異性を備えたさまざまなソフトウェアパッケージによって提供される、アプリケーション固有の複雑なデータ（DNA配列、タンパク質など）の操作は、生物学的クエリインターフェイスの一部としても統合されていません。この論文では、オブジェクトプロトコルモデル（OPM）のフレームワークで、一般的なデータモデル、形式、および表記を介して、均一で一貫した方法で生物学的データベースをインタラクティブに探索するための強力で柔軟なサポートを提供する一般的なツールについて説明します。。これらのツールには、（i）条件をさらに指定するために使用できるか、保存およびカスタマイズできるWebクエリフォームの自動生成をサポートするJavaグラフィカルクエリ構築ツールが含まれます。（ii）複雑なアプリケーション固有のオブジェクトを含み、複数の不均一なデータベースとファイルシステムに及ぶ可能性のあるクエリを解釈および実行するためのクエリプロセッサ。（iii）クエリ結果を含むHTMLページの自動生成のユーティリティ。これは、Webブラウザーを使用してブラウジングできます。これらのツールは、従来の固定形式のクエリインターフェイスによって課される制限を回避し、基礎となるデータモデルとクエリ言語を理解する必要なく、異種のデータベース全体にアドホッククエリを策定するためのシンプルで直感的な機能をユーザーに提供します。

Existing query interfaces for biological databases are either based on fixed forms or textual query languages. Users of a fixed form-based query interface are limited to performing some pre-defined queries providing a fixed view of the underlying database, while users of a free text query language-based interface have to understand the underlying data models, specific query languages and application schemas in order to formulate queries. Further, operations on application-specific complex data (e.g., DNA sequences, proteins), which are usually provided by a variety of software packages with their own format requirements and peculiarities, are not available as part of, nor integrated with biological query interfaces. In this paper, we describe generic tools that provide powerful and flexible support for interactively exploring biological databases in a uniform and consistent way, that is via common data models, formats, and notations, in the framework of the Object-Protocol Model (OPM). These tools include (i) a Java graphical query construction tool with support for automatic generation of Web query forms that can be either used for further specifying conditions, or can be saved and customized; (ii) query processors for interpreting and executing queries that may involve complex application-specific objects, and that could span multiple heterogeneous databases and file systems; and (iii) utilities for automatic generation of HTML pages containing query results, that can be browsed using a Web browser. These tools avoid the restrictions imposed by traditional fixed-form query interfaces, while providing users with simple and intuitive facilities for formulating ad-hoc queries across heterogeneous databases, without the need to understand the underlying data models and query languages.