疎水性モーメントプロットと、膜インタラクティブタンパク質とペプチドの予測と分類におけるその有効性

疎水性モーメントプロット方法論の中心的な前提は、主要な配列情報のみを使用して、表面活性タンパク質または球状タンパク質のいずれかに属する可能性のある両親媒性構造を区別できることです。ただし、プロットの領域を描写する境界は、比較的小さなタンパク質データセットから派生した情報に基づいているようであり、明確に定義されていません。これは、疎水性モーメントの重要性の解釈に関連する不確実性と相まって、この方法論の信頼性が膜相互作用の予測に関して疑問視されるようになりました。したがって、疎水性プロット方法論を使用して、元の研究を含む、既知の膜位置を持つタンパク質の拡張セットの細胞位置を予測しました。予測の精度はカイ二乗統計分析の対象となり、ここでは、この方法論の予測能力は偶然よりも優れているという結論について説明します。

The central premise of hydrophobic moment plot methodology is that primary sequence information alone may be used to differentiate between amphiphilic structures which are likely to belong to either surface active or globular proteins. However, the boundaries delineating the regions of the plot appear to be based on information derived from a relatively small protein data set and are not well defined. This, coupled with the uncertainties associated with interpretation of the significance of the hydrophobic moment has led the reliability of this methodology to be questioned with respect to predicting membrane interactions. Accordingly, we have used hydrophobic plot methodology to predict the cellular locations of an expanded set of proteins with known membrane location, including those of the original study. The accuracy of prediction was subjected to chi-square statistical analysis and here we discuss the conclusion that the predictive abilities of this methodology are no better than chance.