Kegg：京都遺伝子とゲノムの百科事典

遺伝子とゲノムの京都百科事典（KEGG）は、遺伝子と分子のネットワークの観点から遺伝子機能の体系的な分析のための知識ベースです。KEGGの主要なコンポーネントは、ほとんどの既知の代謝経路と既知の調節経路のいくつかを含む生化学経路のグラフィカルな図で構成される経路データベースです。経路情報は、異なる生物の間でオーソロガスおよび麻痺遺伝子グループを要約するオーソロググループテーブルでも表されます。Keggは、完全なゲノムを持つすべての生物の遺伝子カタログの遺伝子データベースを維持し、部分的なゲノムを持つ選択された生物を維持し、それらは継続的に再現されたもの、および化合物および酵素のリガンドデータベースを維持します。各遺伝子カタログは、Javaアプレットで表される染色体位置のグラフィカルゲノムマップに関連付けられています。データ収集の取り組みに加えて、KEGGは、完全なゲノム配列から生化学的経路を再構築し、遺伝子発現プロファイルから遺伝子調節ネットワークを予測するなど、さまざまな計算ツールを開発および提供します。KEGGデータベースは毎日更新され、自由に利用可能になります（http://www.genome.ad.jp/kegg/）。

Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) is a knowledge base for systematic analysis of gene functions in terms of the networks of genes and molecules. The major component of KEGG is the PATHWAY database that consists of graphical diagrams of biochemical pathways including most of the known metabolic pathways and some of the known regulatory pathways. The pathway information is also represented by the ortholog group tables summarizing orthologous and paralogous gene groups among different organisms. KEGG maintains the GENES database for the gene catalogs of all organisms with complete genomes and selected organisms with partial genomes, which are continuously re-annotated, as well as the LIGAND database for chemical compounds and enzymes. Each gene catalog is associated with the graphical genome map for chromosomal locations that is represented by Java applet. In addition to the data collection efforts, KEGG develops and provides various computational tools, such as for reconstructing biochemical pathways from the complete genome sequence and for predicting gene regulatory networks from the gene expression profiles. The KEGG databases are daily updated and made freely available (http://www.genome.ad.jp/kegg/).