F様プラスミドからのFINPアンチセンスRNAの分解：RNA結合タンパク質、FINOは、FINPをリボヌクレアーゼEから保護します

F様プラスミドの伝達は、トランスファーオペロンの陽性調節因子であるTrajの発現を制御するFinopシステムによって制御されます。F FINPは79の塩基性アンチセンスRNAで、2つのステムループで構成され、TRAJ mRNAの5 '翻訳されていないリーダーを相補的です。TRAJリーダーへのFINPの結合は、Trajリボソーム結合部位を隔離し、その翻訳と抑制プラスミド移動を防ぎます。FINOタンパク質は、FINPおよびTRAJ mRNAのステムループIIに結合し、in vitroで二重形成を促進します。FinoはFINPを安定化し、in vivoでの有効濃度を増加させます。FINOがFINPを崩壊からどのように保護するかを判断するために、FINPの分解は一連のリボヌクレアーゼ欠損株で調べられました。ノーザンブロット分析を使用して、フルレングスFINPは、RNase E欠損株で7倍安定化されることがわかりました。RNase E切断の主要な部位は、合成FINPに、ステムループIとIIの間の一本鎖領域にマッピングされました。5 '末端（約10塩基）の近くのセカンダリサイトも観察されました。GST-FINO融合タンパク質は、in vitroで両方の部位でRNase E切断からFINPを保護しました。FINPとTRAJ mRNAの間の2つの二重鎖が、RNase III欠損株で検出されました。より大きな二重は、その3 '端でのFINP転写産物の拡張に起因し、FINPステムループIIに対応するターミネーターでの読み取りスルーを示唆しています。Finoの存在下でTrajを抑制できないFINP（FINP305; C30U）の点変異体も特徴付けられました。FINP305 RNAのRNase E消化のパターンはFINPとは異なり、GST-FINOはin vitroでの切断からFINP305 RNAを保護しませんでした。FINP305 RNAの半減期はin vivoで10倍以上減少したため、Finoの存在下でFINP305 RNAの定常状態レベルが不十分であるため、翻訳に利用できるTRAJ mRNAのレベルを大幅に低下させ、移動レベルのレベルが解除されたレベルの移動レベルを可能にします。。

Transfer of F-like plasmids is regulated by the FinOP system, which controls the expression of traJ, a positive regulator of the transfer operon. F FinP is a 79 base antisense RNA, composed of two stem-loops, complementary to the 5' untranslated leader of traJ mRNA. Binding of FinP to the traJ leader sequesters the traJ ribosome binding site, preventing its translation and repressing plasmid transfer. The FinO protein binds stem-loop II of FinP and traJ mRNA and promotes duplex formation in vitro. FinO stabilizes FinP, increasing its effective concentration in vivo. To determine how FinO protects FinP from decay, the degradation of FinP was examined in a series of ribonuclease-deficient strains. Using Northern blot analysis, full-length FinP was found to be stabilized sevenfold in an RNase E-deficient strain. The major site of RNase E cleavage was mapped on synthetic FinP, to the single-stranded region between stem-loops I and II. A secondary site near the 5' end ( approximately 10 bases) was also observed. A GST-FinO fusion protein protected FinP from RNase E cleavage at both sites in vitro. Two duplexes between FinP and traJ mRNA were detected in an RNase III-deficient strain. The larger duplex resulted from extension of the FinP transcript at its 3' end, suggesting readthrough at the terminator that corresponds to FinP stem-loop II. A point mutant of finP (finP305; C30U) that is unable to repress traJ in the presence of FinO was also characterized. The pattern of RNase E digestion of finP305 RNA differed from FinP, and GST-FinO did not protect finP305 RNA from cleavage in vitro. The half-life of finP305 RNA decreased more than tenfold in vivo, such that the steady-state levels of finP305 RNA, in the presence of FinO, were insufficient to significantly reduce the level of traJ mRNA available for translation, allowing derepressed levels of transfer.